Борис подослал в Путивль трех монахов подготовить заговор против самозванца, но их схватили и казнили. Царь уже не надеялся на старых полководцев. Теперь Борис возлагал надежды на молодого Петра Басманова, отстоявшего Новгород-Северский от самозванца. Но он не учел местнического самолюбия, значившего для Басманова больше присяги. Ошибка отца дорого стоила сыну Фёдору. Больной и никому не верящий царь утратил уверенность в себе. Он велел привести в Москву мать Дмитрия и выпытывал: вправду ли царевич погиб в Угличе. Всё больше он склонялся к суевериям и обращался к ведуньям и прорицателям. Чувствуя, как уходят силы, Борис беспокоился за будущее своей души и советовался с духовниками, врачами-немцами и юродивой – старицей Оленой.
Многое говорит о раннем одряхлении Бориса. У него появилась старческая скаредность: начал проверять замки и печати на дверях дворцовых погребов, где хранились припасы. Часто он впадал в уныние и апатию. Дошли до него и слова самозванца: «А яз де буду к Москве как станет на дереве лист разметыватца». 13 апреля 1605 г., после обеда, Борис умер. Перед смертью его постригли. В Новом летописце об этом сказано кратко: «Царю Борису, вставши из-за стола после кушанья и внезапу прииде на нево болезнь люта, и едва успе поновитись и постричи, и два часа в той же болезни и скончась». Дежуривший во дворце Маржерет сообщает, что Борис умер от апоплексического удара. Слухи о самоубийстве Годунова являются лишь одной из многих враждебных ему легенд.
Годунов в народной памяти. Несчастный царь Борис сохранил о себе в народе недобрую память. В старинных песнях его обвиняют в убийстве царевича Дмитрия и захвате престола:
Не лютая змея воздывалася,
Воздывался собака – булатный нож,
Упал он ни на воду, ни на землю,
Упал он царевичу на белу грудь,
Убили ж царевича Димитрия,
Убили его на Углищи,
На Углищи на игрищи.
Уж как в том дворце чёрной ноченькой
Коршун свил гнездо с коршунятами!
Уж как тот орёл Димитрий-царевич,
Что и коршун тот Годунов Борис,
Убивши царевича, сам на царство сел.
Народная память приписывает Годунову и самоубийство: «Умертвил себя Борис с горя ядом змейным,