Постоянное напряжение сказалось на здоровье Бориса, с 1600 г. он постоянно болеет. Нет сомнений, что Борис задумывался о будущем Фёдора в случае своей смерти. В это же время поползли слухи, что царевич Дмитрий жив. Болезнь, мысли о сыне, слухи о самозванце многократно усугубили природную подозрительность Бориса и придали ей параноидальный характер[32]. Расцвел сыск, возглавляемый троюродным братом Бориса Семёном Годуновым – человеком жестоким, энергичным, но неумным[33]. По указанию Бориса Семён поощрял доносы боярских холопов на хозяев. Маржерет по этому поводу пишет: «Отныне, если слуга доносил на своего хозяина, хотя бы ложно, в надежде получить свободу, он бывал им вознагражден, а хозяина или кого-нибудь из его главных слуг подвергали пытке, чтобы заставить их сознаться в том, чего они никогда не делали, не видели и не слышали». Доносили не только холопы, но дети на отцов и жены на мужей. Тогда впервые заговорили о смуте в Московском государстве: «И от такова ж доводу в царстве бысть велия смута, яко же друг на друга доводяху».
Самым крупным доносом было дело Романовых. Холоп Александра Романова подал извет, что тот хранит у себя волшебные коренья и хочет «испортить» царскую семью. А надо сказать, что Борис был очень суеверен и постоянно советовался с гадалками и ведунами. В ноябре 1600 г. стрельцы ворвались в романовское подворье. Там обнаружили корешки, которые показали Борису. Началось следствие об измене Романовых. Думские бояре, желая выслужиться, обвинили Романовых в покушении на жизнь царя. Наказанием за такое преступление могла быть только смертная казнь. Борис колебался несколько месяцев, а потом постановил постричь в монахи Фёдора Романова, а его младших братьев отправить в ссылку. Судьба оказалась милостивее к Фёдору (в монашестве – Филарету), чем к его братьям. Из них выжил лишь Иван; Александр, Василий и Михаил умерли в ссылке.
Опале подверглись и родственники Романовых – князья Черкасский, Сицкий, Репнин, дворяне Карповы. Через несколько месяцев Борис вернул из ссылки Ивана Романова, князей Черкасского и Сицкого, нарядил следствие по поводу жестокого обращения с Василием Романовым, велел, чтобы монаху Филарету «не было нужи». Казалось, Борис не хотел извести Романовых. Василию и Ивану, сосланным в Пелым, он велел отвести двор с двумя избами и давать в день по калачу и по два хлеба, по части говядины и по три баранины, в постные дни рыбы, и не накладывать цепей. Но условия перевозки ссыльных в Сибирь были ужасны, и люди умирали «естественно». Мы никогда не узнаем, был ли Борис искренен в желании облегчить ссылку Романовым или это было ещё одно лицедейство.
Другой жертвой Бориса стал Богдан Бельский. В 1599 г. царь удалил его из