Годунов при Фёдоре Иоанновиче. Под конец жизни Иван Грозный возвёл в бояре Дмитрия и Бориса Годуновых. Царь возложил на Бориса заботу о младшем сыне Фёдоре, женатом на его сестре. С юных лет слабый Фёдор привык полагаться на шурина. Несчастная гибель царевича Ивана сделала Фёдора наследником престола, но царь Иван в завещании не указал Бориса в числе его опекунов. Когда царь умер (1584), между боярами развернулась борьба за власть, и Борис вновь оказался в числе советников Фёдора. При венчании Фёдора на царство (1584) Борис получил чин конюшего, звание ближнего великого боярина и наместника царств Казанского и Астраханского. В новом туре борьбы за власть Борис победил князя Ивана Мстиславского и заставил его постричься в монахи.
В 1585 г. тяжело заболевает царь Фёдор, и Борис направляет в Вену тайное посольство с предложением после смерти Фёдора выдать Ирину за австрийского принца и возвести его на российский престол. Но Фёдор выздоровел и, узнав о тайных переговорах, был глубоко оскорблен: «В дальнейшем кроткий царь не раз прибегал к палке, чтобы проучить шурина». Положение Бориса казалось безнадёжным: в мае 1586 г. «московских людей множество» потребовало выдачи Годуновых. Бунта испугались сами бояре: перед народом выступил Иван Шуйский и сказал, что «им на Бориса нет гнева». Из толпы выступили два купца и сказали: «Помирились вы головами нашими: и вам пропасть от Бориса, и нам!» Но толпа разошлась. В ту же ночь купцы пропали без вести, Шуйские поняли, что борьба с Борисом только начинается. И тут они совершили ошибку – подали от имени бояр, митрополита, епископов и посадских прошение Фёдору, чтобы он отправил жену в монастырь и «чадородия ради» сочетался вторым браком.
Угрозы лишиться Ирины – единственное, что не переносил Фёдор. Митрополит был лишен сана и пострижен в монахи. Оправившийся Годунов обвинил Андрея Шуйского в измене и переговорах с Литвою. Осенью 1586 г. в Москве вспыхнули волнения торговых людей в поддержку Шуйских, но Борис к ним был готов и подавил волнения. Андрея и Ивана Шуйских сослали в их вотчины, а шестерых «торговых мужиков» обезглавили. Заработали каты на Пыточном дворе, появились показания на Шуйских. Борис не спешил; только в 1588 г. он приступил к расправе. Действовал Борис в свойственной ему скрытой манере. Ивана Шуйского сослали в монастырь и заставили постричься;