Во время гуситских войн храм и монастырь многое претерпели, в 1596 году в костел угодила молния. Когда в 1689 году в Праге бушевал великий пожар, костел и монастырь выгорели полностью. Но довольно быстро он был снова отстроен в том виде, в каком мы видим его ныне. В главном алтаре Святоянского костела в стеклянном шкафу хранится деревянная статуя Девы Марии, особый памятник XIV века, о котором существует такое предание:
С давних пор статуя Девы Марии в костеле св. Якуба считалась чудотворной. Поэтому была она особо почитаема и увешана дарами. Серебряные и золотые монеты, всевозможные роскошные украшения, нити жемчуга в изобилии висели на ней. Однажды, в неспокойные времена, толклись в Праге всякие темные людишки, много воров развелось, были среди них и люди дерзкие, не боявшиеся никого и ничего. И вот один такой человек, шатаясь по городу, зашел и в костел св. Якуба во время праздничного богослужения, надеясь срезать у кого-то из молящихся кошелек или что-то еще украсть в толпе людей. Он пробрался к главному алтарю и там увидел Деву Марию, увешанную богатыми дарами. Глаза его загорелись. Он тут же подумал, что знатная у него будет добыча. Он прекрасно владел своим преступным ремеслом и быстро составил план. Он вышел из костела, чтобы вернуться туда на следующий, будний день, когда там не будет столько народу. И пришел он туда в послеобеденное время, оглянулся по сторонам, не смотрит ли кто на него, залез в пустую исповедальню, где собрался переждать время до самой ночи.
Когда вечером служка запер костел, тот злодей понял, что находится в безопасности и может приступить к делу. И было ему особое везение: той ночью луна ярко светила с ясного неба, и лунный свет через большое окно падал прямо на алтарь. Вор влез на алтарь и собрался снять нити жемчуга и золотые дукаты с шеи статуи. Но в ту минуту он почувствовал, что кто-то схватил его за руку и крепко держит. Он не мог и пошевелиться от испуга, но еще хуже ему стало, когда он обнаружил, что это сама статуя Матери Божией подняла руку и ею держит его. Долгое время он был как парализованный, но потом стал пытаться высвободиться. Но все его попытки были напрасными – не было такой силы, которая освободила бы его. В отчаянном страхе подумал он было о том, чтобы толкнуть статую – она бы упала и разбилась. Но хоть и был он сильным человеком, это ему не удалось. Ничего не оставалось, как дождаться утра.
Страшно было злодею при мысли, как схватят его на месте преступления и каким будет наказание. Медленно шло время в ночном одиночестве. Наконец на востоке показался новый день, ночь миновала. Снаружи раздались шаги, послышался звук ключа в замке. Это служка шел в храм, чтобы все приготовить к утреннему богослужению. Он подошел к главному алтарю и