Деньги на эти два флота расходовались по-разному. Официальные военно-морские силы ордена редко окупали затраты на них. Поэтому Оружейная палата добавляла сюда часть доходов от европейских поместий или из доверительных фондов (из них финансировалось также строительство новых галер). Что касается походов независимых корсаров, то они неизменно покрывали все свои расходы из захваченной добычи. Специальная финансовая служба скрупулезно обсчитывала затраты на ту или иную экспедицию. Помимо покупки, оснащения и вооружения кораблей судовладельцам приходилось кормить сотни людей. Финансовый риск в определенной мере снижался тем, что суда и корабли отдавали в заклад по договорам бодмереи (получение денежной ссуды под заклад судна или корабля), а также за счет продаж акций, выпускаемых Оружейной палатой.
Акции Оружейной палаты, как и акции владельцев пиратских судов, охотно покупали, поскольку почти каждый житель Мальты вкладывал свои деньги в пиратские походы. Купцы, священники, монахини, крестьяне получали от корсаров или от Оружейной палаты долговые обязательства и тем самым обеспечивали себе фиксированный процент от стоимости награбленного имущества. Акционеры могли рассчитывать только на то, что оставалось после компенсации всех затрат. Получалась своеобразная азартная игра, которая очень импонировала богатым судовладельцам и рыцарям.
Несмотря на то, что формально два флота существовали как бы параллельно, они часто использовали одних и тех же моряков. Если поначалу капитанами были только члены ордена, то потом среди капитанов появились лица, не входившие в орден. Команды набирались из мальтийцев, французов, итальянцев, испанцев и др. Bo время войн все капитаны и рядовые служили в военно-морских силах ордена за плату. Кроме того, к боевым действиям привлекались и частные суда за определенную плату.
Районом пиратско-корсарских действий ордена обычно был район между Египтом и Константинополем, а также Северная Африка. Немногим мальтийским капитанам удалось захватить по-настоящему богатый приз (добычу) или получить огромные выкупы за пленников. По большей части в их руки попадали торговые суда, перевозившие какие-то объемные грузы (древесину, мрамор и пр.). Гораздо большую ценность представляли невольники. При этом корсары не брезговали похищением греков как на континенте, так и на островах.
Особенно ценные грузы перевозились караванами под контролем военных кораблей Османской империи, но чаще всего корсары не трогали эти караваны, оставляя их военно-морским силам ордена. К тому же на такие нападения отваживались лишь самые дерзкие капитаны, например, Темерикорт (Темерикур) Габриэль Д’Абос