Один из видных (и наиболее хитроумных) членов королевского совета, легист Гийом Ногаре, был направлен к папе с вызовом на церковный собор. Но после встречи с Ногаре папа заболел и 11 октября умер.
Притязания пап на верховенство потерпели поражение в борьбе с королевской властью. Важным последствием борьбы Филиппа IV с Бонифацием VIII было еще и то, что король впервые установил прецедент обращения с апелляцией на папские решения ко Вселенскому собору, который ставился таким образом выше папы. Этой идее суждено было впоследствии сыграть важную роль как во время раскола в Западной церкви, так и несколько веков спустя.
В 1304 году во главе 60-тысячной армии король предпринял новый поход во Фландрию. В конце концов ему удалось в результате не столько военных действий, сколько ловких дипломатических маневров навязать Фландрии в 1305 году мир. Фламандцы сохранили все свои права и привилегии. Однако должны были выплатить большую контрибуцию. В залог уплаты выкупа король взял себе земли на правом берегу Лиса с городами Лилль, Дуэ, Бетюн и Орши. Филипп должен был вернуть их после получения денег, но вероломно нарушил договор и навсегда оставил их за Францией.
После понтификата Бенедикта ХI, длившегося всего несколько месяцев, кардиналы в июне 1305 года избрали архиепископа из Бордо Бертрана де Го, вошедшего в историю как Климент V.
Моральное торжество Филиппа было увековечено в булле Климента V, признавшей «усердие» Филиппа в споре с Бонифацием «добрым и справедливым». Климент до самой смерти оставался послушным исполнителем воли французского короля.
Тем временем французская дипломатия проявляла необычайную активность и лелеяла захватнические планы. В пограничной полосе между Францией и Германией находилось множество лишь формально зависевших от империи больших и малых феодальных княжеств, между которыми шли нескончаемые территориальные споры. Стоило в этих распрях кому-нибудь из них опереться на империю, как немедленно другая сторона обращалась за помощью к Франции. Французское влияние распространилось на все спорные области франко-германской границы, в лотарингские владения, в Лион, признавший окончательно в 1312 году суверенитет французского короля, в Валансьен, горожане которого восстали против своего графа и заявили требование «принадлежать французскому королевству».
В правление императора Альбрехта Австрийского во время свидания его с Филиппом IV в Вокулере имели место, как утверждают, секретные переговоры. Филипп втайне обязался помочь Альбрехту сохранить императорскую корону в наследственном владении Габсбургского дома, взамен чего Альбрехт должен был уступить Филиппу IV обширные территории – левый берег Рейна и долину Роны.
Со смертью же Альбрехта Австрийского, убитого в 1308 году, замыслы французской дипломатии