Однако папа не хотел и слышать о мире, в котором признавалось равенство «неверных» с христианской церковью, наложил поэтому интердикт на Иерусалим и запретил пилигримам посещать «святые места». Григорий IX всеми средствами возбуждал против Фридриха палестинских феодалов, особенно духовно-рыцарский орден тамплиеров; венецианцы по наущению папы напали на владения Фридриха в Сирии.
Вернувшись в Италию, Филипп к концу 1229 года очистил от папских наемников не только Северную и Центральную Италию, но и южную часть страны. Победа эта привела к тому, что с Фридриха была снята анафема и он был возвращен в лоно церкви.
В 1230 году в Сан-Джермано между папой и императором был заключен мир. Материальных выгод Фридрих II от своей победы не получил и даже вынужден был вернуть захваченные им земли в Папской области, возместить убытки защитникам папы и уплатить штраф. Кроме того, он взял на себя обязательство не облагать в дальнейшем духовенство налогом, не судить королевским судом представителей духовенства и не оказывать давления на исход выборов епископов и аббатов. Однако папство не имело повода для торжества. Фридрих утвердился в Северной Италии и создал вокруг Папской области кольцо имперских владений.
В 1239 году Григорий IX снова отлучил императора от церкви, обвинив его в нарушении церковной свободы, налогообложении духовенства, вмешательстве в епископские выборы, захвате папских владений, в невыполнении обязательства по организации крестового похода и т. п.
Смерть Григория IX лишь на короткое время отсрочила дальнейшее обострение борьбы.
На соборе 1245 года в Лионе был обнародован декрет о лишении Фридриха престола ввиду того, что он клятвопреступник и еретик, совершил святотатство и вероломство. В Италии и Германии в среде духовенства против императора возникли заговоры, в которые сторонникам папы удалось вовлечь ближайших советников императора.
Но даже в этих условиях Фридрих II влиял на выборы епископов. В 1239–1250 годах, во время яростной борьбы с Папской курией, епископы, аббаты и клирики, являвшиеся сторонниками папы, арестовывались или изгонялись из королевства; был создан епископат, полностью изолированный от Рима.
Сильной