По инициативе Иннокентия III был организован Четвертый крестовый поход на Восток (1202–1204). Иннокентий III увидел в этом удобный случай реализовать старые антивизантийские замыслы Папской курии; он рассчитывал, создав угрозу Константинополю, добиться подчинения греческой церкви католическому Риму.
Хитроумные интриги Венеции, не без участия тайной дипломатии Иннокентия III, привели этот поход к совершенно «неожиданным» результатам: вместо Египта, являвшегося официальной целью похода, рыцари креста, «уклонившиеся с пути», разгромили сперва далматинский город Задар, а затем направились к византийской столице. Иннокентий III если не формально, то по существу одобрил перемену направления крестоносной экспедиции. Приличия ради, однако, папа грозил крестоносцам церковными мерами в случае, если они поднимут меч на христианский Константинополь. В 1204 году рыцари креста захватили и жестоко разграбили столицу Византийской империи. Здесь было образовано новое государство крестоносцев – Латинская империя. Взятие Константинополя папа тотчас объявил «чудом божьим».
От разгрома Византийской империи больше всего выиграли венецианские купцы, нанесшие непоправимый удар своей торговой сопернице. Надежды же Иннокентия III на подчинение греческой церкви не оправдались. Ни проповедью, ни силой папство не сумело навязать унию греческому населению ненавистной Латинской империи.
Иннокентий III был также инициатором крестового похода против южно-французских еретиков – альбигойцев, закончившегося страшным разгромом юга Франции. Тот же папа призвал немецкое рыцарство к походу против язычников-ливов и утвердил в Восточной Прибалтике духовно-рыцарский орден меченосцев для обращения прибалтийских язычников в христианство. Он проповедовал крестовый поход против мавров-мусульман в Испании, ознаменованный еврейскими погромами и победой над маврами при Лас Навас де Толоса (1212).
Успехи международной политики Иннокентия III, сделавшие его фактически политическим арбитром Европы, подкреплялись финансовой мощью папства: римская курия становится в это время могущественнейшей финансовой силой в Европе. Выкачивая денежные средства со всех концов католического мира, папство тесно связывается с банкирскими конторами различных европейских стран.
Другим орудием папской дипломатии было твердо проводившееся Иннокентием III право римской курии решать в последней инстанции все судебные дела церкви. Поскольку круг церковных дел был необычайно широк и расплывчат, это давало папе возможность постоянного вмешательства во внутренние дела любого государства, что сыграло известную