Возведенный 6 августа 1852 года в сан Архимандрита, Геннадий 13 июля 1858 года был назначен ректором Самарской семинарии, 22 августа 1859 года – настоятелем Богородицкого Задонского монастыря, а 10 октября 1860 года – ректором Тамбовской духовной семинарии и архимандрит Козловского Троицкого монастыря Тамбовской епархии (10.10.1860). Редактор «Тамбовских епархиальных ведомостей» (28.03.1861—31.12.1867).
Протоиерей Певницкий, бывший в то время преподавателем в Тамбовской семинарии, даёт о Геннадии отзыв как о человеке уже «помятом жизнью», но с «альтруистическими свойствами», на которые «учебное монашество не успело наложить своих сухих печатей», умевшем вести дело управления «в порядке и целесообразно», обращавшемся с наставниками «по-товариществу», а с учениками «по-отечески».
21 августа 1868 года Геннадий был назначен епископом Сарапульским, викарием Вятской епархии и 22 сентября хиротонисан.
24 июня 1872 года он был переведён на Кинешемское викариатство в Кострому.
9 апреля 1883 года – переведён на Сумское викариатство в Харьков. В Харькове, по отзыву А. Ф. Ковалевского, Геннадия «очень полюбили», и «начинания его по Куряжскому монастырю (управляемому им) заслуживали похвал»; в нём видно было «ревнование поправить положение обители».
29 ноября 1886 года Геннадий был уволен на покой и назначен управляющим Тверским Желтиковым монастырём.
Он был доволен увольнением в Желтиков монастырь, где ему было «предоставлено только право делать распоряжения к приведению в исполнение предписаний епархиального начальства». 16 декабря 1886 года Геннадий прибыл в Желтиков и тотчас заболел, так что и в день Рождества не выходил в церковь.
Кавалер орденов Святой Анны I – III и Святого Владимира II – III степеней. Почетный член Костромского губернского статистического комитета (1871). Пожизненный член костромского отделения Православного Миссионерского общества (1881). Духовный писатель. Корреспондент «Воскресного чтения», «Северной пчелы», «Странника» и др.
21 мая 1891 года состоялся указ Синода о переводе Геннадия «по болезненному состоянию» в Высокогорскую пустынь Арзамасского уезда, но непосредственно за этим члены Синода, «движимые благостию», назначили Геннадия управляющим Козловским Троицким монастырём, в котором он уже настоятельствовал, будучи ректором Тамбовской семинарии.
Последние годы Геннадий был разбит параличом, но упорно отказывался от медицинского пособия. Он умер 10 февраля 1893 года, в 4 часа утра. Последние его слова были: «А когда я умру, то за меня, наверное, помолятся мои ученики – ведь их у меня в Тамбовской семинарии было очень много». Он был погребён в монастырской Троицкой церкви.
Сочинения
Речь,