В мае того же года была упразднена Тайная канцелярия – на том основании, что она создавалась «на время, для случившихся тогда чрезвычайных тайных розыскных дел». Дела Тайной канцелярии подлежали передаче в Преображенскую канцелярию.[184] Уникальность ситуации заключалась в том, что правительство находилось в Петербурге, а центральный орган политического сыска – Преображенский приказ – в Москве, и И. Ф. Ромодановский был вынужден подолгу жить в Санкт-Петербурге, чтобы лично руководить работой канцелярии. В декабре 1726 г. фактическим руководителем Преображенской канцелярии стал петербуржец А. И. Ушаков. Секретарь Тайной канцелярии И. И. Топильский занял место секретаря канцелярии Верховного тайного совета. Весной 1727 г. Преображенская канцелярия была упразднена, а незаконченные дела перешли в Розыскную контору при Сенате.[185]
О всех важных розысках Ромодановский докладывал на заседаниях Верховного тайного совета, представляя выписки из дел Преображенской канцелярии и дел Преображенского приказа, которые присылались из Москвы. В делах политического сыска «верховники» одновременно являлись и следователями и судьями и часто давали личные указания, как вести следствие. Таким образом, Преображенская канцелярия, близкая к верховной власти, стала достаточно опасной для оппозиции структурой.
Трудно сказать с абсолютной достоверностью, что побудило императрицу упразднить ранее существовавшую Тайную канцелярию. Наиболее вероятно, что волю государыни инициировал «светлейший»: с закрытием канцелярии Толстой лишался главного политического козыря – руководства одной из государственных специальных служб, а заодно и возможности использовать имеющуюся оперативную информацию против самого Меншикова и близких к нему лиц. Устранение Толстого было выгодно и большинству приближенных императрицы.