После успешного раскрытия «заговора» Меншиков стал пользоваться неограниченным доверием Екатерины I. Именно под его влиянием государыня составила завещание (которое некоторые современники считали поддельным) в пользу юного Петра Алексеевича. Ее дочь Елизавета могла претендовать на престол только в случае бездетности Петра.
Днем 6 мая 1727 г. императрица скоропостижно скончалась, и власть официально перешла в руки внука Петра Великого – Петра II, которому было всего 12 лет. Кандидатуру нового императора поддержало подавляющее большинство членов Верховного тайного совета, Сената и Синода, президенты коллегий и офицеры гвардии. Скорее всего, это было связано с его возрастом: каждая из противоборствующих группировок предполагала привлечь его на свою сторону. Первоначально опекуном юного императора стал Меншиков. Он же стал и куратором сыскных дел.
Преображенскую канцелярию, о которой говорилось выше, поспешили упразднить, генерала Ушакова вначале арестовали, а потом отправили служить в Ревель. Двадцать второго мая была восстановлена система географического распределения политических дел. Из ближних к Санкт-Петербургу губерний дела следовало посылать в Розыскную контору при Сенате, из других губерний – в Москву, в Преображенский приказ. Влияние приказа и чуждого «верховникам» Ромодановского было сведено до минимума. Розыскная контора при Сенате осталась единственным в Санкт-Петербурге учреждением политического сыска, ее штат увеличили до восьми человек и пополнили бывшими служителями Тайной и Преображенской канцелярий.
Казалось, судьба благоволила к «светлейшему»: он получил звание генералиссимуса, его дочь Мария в мае обручилась с Петром II. Сподвижники Петра I Макаров, Шафиров и Ягужинский были отстранены от реальной власти. Но усиление позиций Меншикова привело к тому, что против него объединились и сторонники Елизаветы, и представители старых боярских родов во главе с Долгоруковыми.
В сентябре Петр II приказал гвардии и членам Верховного тайного совета повиноваться только его личным распоряжениям.