Большое значение государь придавал качеству тайнописи. В одном из писем он с неудовольствием сообщал Огильви, что его «цыфирь» «к разобранию легка». В целом, российская тайнопись начала XVIII в. представляла собой простые шифры замены: буквы алфавита заменялись в тексте на условные обозначения (буквы, цифры, особые знаки) по специальной таблице. Например, гетман Мазепа после его перехода на сторону шведов в октябре 1708 г. изображался в шифровках в виде топора и виселицы. Для усложнения расшифровки секретных донесений, попавших к противнику, они писались не только на русском, но и на французском, немецком и греческом языках. Так, один из русских шифров Петровской эпохи перехватившие его англичане сумели прочитать только через 25 лет!
Не меньшее внимание Петр уделял средствам осуществления тайнописи и способам скрытной транспортировки донесений. В апреле 1714 г. он направил послу России в Швеции И. Ю. Трубецкому инструкцию по применению специальных составов. В качестве контейнеров для доставки секретных посланий использовались полости в предметах быта, одежде и даже полые орудийные ядра. Последний способ был, в частности, использован русским комендантом Полтавы А. С. Келиным в 1709 г. Тогда же петровские войска применили сигнализацию (условные огни и выстрелы) для подтверждения получения шифровок: с помощью сигнализации отправителю давали знать, что послание дошло до адресата, расшифровано и понято.
Привилегированное положение в системе государственных учреждений занимали Военная и Адмиралтейская коллегии, а также Коллегия иностранных дел – благодаря тому огромному значению, которое Петр I придавал армии, флоту и дипломатии, и благодаря той роли, которую играли президенты коллегий: генерал-фельдмаршал светлейший князь А. Д. Меншиков, генерал-адмирал граф Ф. М. Апраксин и канцлер граф Г. И. Головкин.
Вопросам организации контрразведки и политической полиции в Петровские времена внимание уделялось действительно серьезное. Молодому царю в период борьбы со сводной сестрой пришлось пережить многое. Возможно, именно личный опыт сделал «Петрову службу» и скорой, и спорой. Как и ранее, в последней четверти XVII в. контрразведкой занимались несколько государственных учреждений. Посольский приказ надзирал за иностранными посольствами, а также гражданскими иностранными подданными в России. Иноземский, Преображенский и Семеновский приказы осуществляли контроль за иностранцами, находившимися на русской службе. Разрядный, Казанский и Малороссийский приказы совместно с пограничными воеводами проводили контрразведывательную работу в порубежных районах.
Преображенский приказ руководил не только политическим сыском, но и контрразведывательной деятельностью. «Недреманное око» Ромодановского через верных слуг