19 сентября 1997 года Путин был включен в состав Межведомственной комиссии Совета Безопасности РФ по экономической безопасности.
25 мая 1998 года был назначен первым заместителем руководителя Администрации Президента РФ, ответственным за работу с регионами (сменив Викторию Митину). До начала июня оставался также начальником Контрольного управления Администрации Президента (в июне 1998-го это управление по рекомендации В. Путина было поручено возглавлять Николаю Патрушеву).
15 июля 1998 года возглавил Комиссию при Президенте РФ по подготовке договоров о разграничении предметов ведения и полномочий между федеральными органами государственной власти и органами государственной власти субъектов Российской Федерации (вместо отправленного в отставку Сергея Шахрая). С тех пор не был подписан ни один такой договор.
25 июля 1998 года указом президента В. Путин был назначен директором Федеральной службы безопасности России (ФСБ).
1 октября 1998 года был введен в состав постоянных членов Совета Безопасности РФ, а 18 ноября 1998 года указом Президента РФ включен в обновленный состав Совета Безопасности.
В качестве руководителя ФСБ произвел ряд кадровых и структурных изменений, упразднил два крупнейших управления ФСБ – экономической контрразведки (УЭК) и контрразведывательного обеспечения стратегических объектов (УКРОСО), создав вместо них 6 новых управлений. Добился регулярного финансирования ФСБ, а также (непосредственно у Ельцина, минуя бюрократическую лестницу) повышения зарплаты сотрудникам ФСБ, уравняв их с работниками СВР и ФАПСИ.
29 марта 1999 года был назначен секретарем Совета Безопасности РФ с сохранением должности директора ФСБ.
9 августа 1999 года указом Президента в Правительстве была введена еще одна должность первого заместителя Председателя Правительства (третьего по счету), и этим же указом эту должность получил В. Путин. В тот же день другим указом Б. Ельцина кабинет Сергея Степашина был отправлен в отставку, а В. Путин был назначен временно исполняющим обязанности главы правительства (такая последовательность назначений объясняется тем, что, согласно закону, только вице-премьер может быть назначен на пост и.о. Председателя Правительства).
В своем телеобращении Б. Ельцин в тот же день назвал В. Путина своим преемником на посту Президента РФ. В телеинтервью в тот же день В. Путин заявил, что принимает предложение Б. Ельцина и будет баллотироваться на пост Президента в 2000 году.
16 августа 1999 года Государственная Дума утвердила В. Путина председателем Правительства (233 голоса «за», 84 – «против», 17 – воздержались).
…4 сентября 1999 года в г. Буйнакске (Дагестан) произошел взрыв начиненного взрывчаткой автомобиля,