Во время работы в «пятерке» обратил на себя «внимание сотрудников внешней разведки», после чего был переведен в систему Первого Главного управления (ПГУ, внешняя разведка) и направлен на годичные курсы переподготовки в Москву. По возвращении в Ленинград четыре с половиной года (1979–1983) служил в первом отделе (внешняя разведка) Ленинградского УКГБ.
В 1984 году, получив звание майора, был направлен в московский Краснознаменный институт (КИ) имени Ю.А. Андропова, где учился с июля 1984 по июль 1985 г. под псевдонимом «Платов» (на одногодичном факультете – «объект „Юрмала“» в Подмосковье в Звенигородском районе). В институте специализировался на германоязычных странах (Австрия, Швейцария, ФРГ, ГДР – 4-й отдел ПГУ КГБ СССР), был старшиной отделения.
По окончании института КГБ был в августе 1985 года командирован в представительство КГБ в ГДР, где до начала 1990 г. работал в Дрездене.
На январь 1990 года – старший помощник начальника третьего линейного отдела от управления «С» (нелегальная разведка); по партийной линии – секретарь парторганизации Дрезденской группы Представительства КГБ в ГДР и член парткома Представительства.
По возвращении из ГДР получил в феврале 1990 г. должность помощника проректора ЛГУ по международным вопросам, на которой оставался до своего назначения председателем Комитета по внешним связям (КВС) петербургской мэрии летом 1991 г.
В 1990 году вместе с проректором ЛГУ по международным вопросам Юрием Молчановым участвовал в организации совместного предприятия ЛГУ и компании Procter & Gamble (P&G). Через проректора Ю. Молчанова возобновил знакомство с А. Собчаком.
Став в мае 1990 года председателем Ленинградского городского Совета, А. Собчак взял В. Путина к себе на должность советника по международным вопросам, а после своего избрания (12 июня 1991 г.) мэром Санкт-Петербурга одним из первых своих распоряжений назначил 28 июня В. Путина председателем Комитета по внешним связям (КВС) Санкт-Петербургского городского правительства.
После ликвидации ГКЧП В. Путин подписал заявление об отставке из органов и в начале 1992 года был переведен в действующий резерв КГБ в звании подполковника запаса.
В конце 1991 – начале 1992 г. В. Путин выступил инициатором продовольственного снабжения Санкт-Петербурга из-за границы в обмен на экспорт. 4 декабря 1991 г. он подписал письмо с таким предложением в Комитет по внешним экономическим связям (КВЭС) Министерства экономики: поскольку «единственным источником поступления продуктов в регион с января по февраль 1992 года может стать их импорт в обмен на экспорт», В. Путин просил предоставить петербургской мэрии квоту в размере «124 миллиона долларов на экспорт сырья (леса, нефтепродуктов, лома цветных