Toonane justiitsasjade rahvakomissar Nikolai Krõlenko, keda küll vist mitte keegi ei söanda nimetada suureks humanistiks, kirjutas: „Tšekaa on kohutav oma repressioonide halastamatuses ja täielikus läbipaistmatuses ükskõik kelle pilgu läbi nähtuna.”
Krõlenko tegi ettepaneku allutada julgeolekuorganid justiitsasjade rahvakomissariaadile, et kohalikud tšekistid oleksid kubermangude juristide kontrolli all.
Loomulikult oli Dzeržinski kategooriliselt selle vastu: „Tšekaa andmine justiitsasjade rahvakomissariaadi järelevalve alla vähendab meie prestiiži ja autoriteeti võitluses kuritegevusega, see annaks kinnitust kõigile valgekaartlaste väljamõeldistele meie „ebaseaduslikust” tegevusest… See poleks mitte järelevalve, vaid Tšekaa ja tema organite diskrediteerimine… Tšekaa on partei kontrolli all. Kubermangude justiitskomissaride ametissemääramine tähendaks tegelikult kurssi Tšekaa vastu, sest kubermangude justiitsorganid on formaalse õigluse organid, Tšekaa aga on partei distsiplineeritud võitlussalk.”
Krõlenko jäi arvamusele, et tšekistid rikuvad seadust. 1925. aastal saatis ta poliitbüroole kirja, milles märkis, et OGPU ületab talle antud volitusi, ta tegi ettepaneku piirata rangelt ja karmilt GPU õigust arutada süüasju väljaspool kohtusüsteemi, oma erinõupidamistel… Krõlenko oli arvamusel, et prokuratuur peab kontrollima ka OGPU-s toimuvaid juurdlusi.
Dzeržinski tõrjus Krõlenko ettepaneku viivitamatult. Temal loogika oli teistsugune: „Praegune poliitiline olukord ei võimalda kitsendada OGPU õigusi võitluses kontrrevolutsiooni ja spioonidega.”
Neist kokkupõrgetest väljus võitjana alati Dzeržinski. Tema ametkond oli tähtsam kui justiitsasjade rahvakomissariaat ja prokuratuur ühtekokku. Talle polnud ohtlik isegi partei kõrgemate ülemuste rahulolematus, kuid ta pidi siiski kriitikale reageerima.
1924. aasta lõpus kritiseeris OGPU tegevust poliitbüroos selle liige, ajalehe Pravda peatoimetaja ja – Lenini sõnul – partei lemmik Nikolai Buhharin. Dzeržinskit sellel istungil ei olnud. Et talle asja selgitada, kirjutas Buhharin OGPU esimehele kirja:
„… Niisiis, et Teil poleks kahtlusi, kallis Felix Edmundovitš, palun ma Teil mõista, mida ma silmas pean. Ma arvan, et me peame kiiremini minema senisest liberaalsema Nõukogude võimu suunas: vähem repressioone, rohkem seaduslikkust, rohkem arutelusid ja omavalitsust…
Seepärast ma astungi mõnikord välja ettepanekute vastu, millega püütakse GPU jms. õigusi laiendada. Saage aru, kallis Felix Edmundovitš (Te ju teate, kui väga ma Teid armastan), et teil pole mingit alust kahtlustada mind halbades tunnetes ei Teie vastu isiklikult ega ka GPU kui asutuse vastu. See on põhimõtteline küsimus, selles ongi kogu asi…
Kuna Te olete poliitikaasjus ülimalt kirglik, kuid suudate olla ka erapooletu, siis Te saate minust kindlasti aru. Emban teid tugevasti, surun kõvasti Teie kätt ja soovin Teile kiiret paranemist.
Dzeržinski saatis selle kirja oma asetäitjale Vjatšeslav Menžinskile ja kirjutas selle servale:
„Me peame selliste KK juhtkonnas levinud seisukohtadega arvestama ja asja üle järele mõtlema…
Me peame muutma oma praktilist tegevust, töömeetodeid, kõrvaldama selle, mis sünnitab taolisi meeleolusid. See tähendab, et meie (GPU) peame muutuma ehk vaiksemaks, tagasihoidlikumaks, korraldama läbiotsimisi ja arreteerimisi ettevaatlikumalt, tuginedes rohkem tõendusmaterjalile; mõnd liiki arreteerimisi (nepmanite ja ametialaste kuritegude osas) tuleks piirata ja teha neid vaid partei avaliku arvamuse survel või siis, kui nemad seda meie asemel organiseerivad; kõikides küsimustes tuleb rohkem informeerida Moskva komiteed, tihedamalt tuleb neisse asjusse kaasata ka parteiorganisatsiooni.”
1919. aasta 18. augustil kinnitati Dzeržinski KK orgbüroo otsusega ka Tšekaa selle eriosakonna juhatajaks, mis tegeles armee kontrollimisega. Ja 1919. aasta oktoobris sai ta sisevägede sõjanõukogu esimeheks.
Dzeržinski leidis, et Tšekaal peavad olema oma sõjaväeosad. Sõja- ja mereväe rahvakomissar ning ühtlasi Revolutsioonilise Sõjanõukogu esimees Trotski oli selle vastu: ta arvas, et pole vaja luua mingit eraldi armeed, mis ei allu temale.
Kuigi Dzeržinski sai lõpuks oma tahtmise, jäid Tšekaa väeosad siiski Revolutsioonilise Sõjanõukogu, seega siis Trotski kontrolli alla. 1920. aasta sügisel saavutas Dzeržinski, et Tšekaa töötajad võrdsustati Punaarmee ohvitseride ja sõduritega. Enne seda oli tšekistide töötasu olnud väiksem kui sõjaväelastel.
1921. aastal moodustas Dzeržinski eriüksuse, mis hakkas kaitsma Leninit ja valvas hiljem tema mausoleumi, samuti muid tähtsamaid objekte, nagu rahanduse rahvakomissariaat ja riigipank. Hiljem muudeti see väeüksus Dzeržinski-nimeliseks eridiviisiks, mis – tõsi küll, teise nime all – eksisteerib tänase päevani.
Tšekaa loodi kui revolutsiooni kaitsmise ja eriti ohtlike kuritegude vastu võitlemise organ. Kuid see muutus totaalse kontrolli ja mahasurumise vahendiks.
1920. aasta detsembris kirjutas Tšekaa salajase osakonna juhataja T. Samsonov Dzeržinskile: „Seniajani on Tšekaa tegelnud vaid õigeusu kiriku kui kõige võimsama ja suurema usuorganisatsiooni laostamisega, kuid sellest ei piisa, sest vabariigi territooriumil on veel terve rida vähemalt sama tugevaid religioone, nagu islam jt., mida me peame hakkama samamoodi samm-sammult laostama nagu õigeusu kirikut.”
21. aprillil 1921 saatis Dzeržinski keskkomiteele protestikirja taotluse peale, milles hariduse rahvakomissariaat palus lubada mõnedel teatri- ja kultuuritegelastel välismaale sõita.
Dzeržinski kirjutas: „Siiamaani pole ükski välja lastud isik tagasi tulnud, mõned neist, näiteks Balmont, arendavad seal meie vastu tigedat kampaaniat. Meie selline järeleandlikkus on täiesti õigustamatu kultuuriväärtuste raiskamine ja meie vaenlaste ridade tugevdamine.”
3. aprillil 1801. aastal, pärast keiser Paul I tapmist lubas Aleksander I inimestel vabalt välismaale sõitma hakata. Bolševikud keelasid nüüd ära riigist lahkumise ja tagasituleku – kõik see pidi toimuma vaid julgeolekuorganite loal. 1920. aasta 6. juunil kinnitas välisasjade rahvakomissariaat instruktsiooni välispasside kohta, see kehtis praktiliselt kuni 1991. aastani. „Erakorralise aja oludes” oli vaja saada Tšekaa eriosakonna luba. Hiljem läks passide väljastamine NKVD pädevusse.
1922. aastal, käinud enne Lenini suvilas Gorkis, käskis Dzeržinski hakata metoodiliselt koguma andmeid kõigi vähegi tuntud haritlaste, kirjanike, arstide, inseneride ja agronoomide kohta. Kogu see info koondati „intelligentsi osakonda”:
„Iga intelligendi kohta tuleb seada sisse toimik. Kompetentsed seltsimehed peavad põhjalikult iseloomustama intelligentsi iga rühma ja alarühma… Andmeid tuleb kontrollida erinevate allikate kaudu, et meie otsus oleks eksimatu ja pöördumatu, siiamaani pole see nii olnud just kiirustamise ja ühekülgse lähenemise tõttu…
Tuleb meeles pidada, et meie osakonna ülesanne ei ole mitte ainult intelligente välja saata, vaid muuta ka spetsidesse suhtumist, st. neid tuleb liigendada, ja edutada võib vaid neid, kes kõhklematult toetavad Nõukogude võimu…”
1922. aasta juunis tegi GPU esimehe asetäitja Unschlicht poliitbüroos ettekande „Intelligentsi seas esinevatest nõukogudevastastest rühmitustest”. Otsustati moodustada mitu komisjoni, mis pidid koostama nende isikute nimekirjad, keda tuli riigist välja saata. Poliitbüroo komisjon, kuhu kuulusid poliitbüroo liige Kamenev, justiitsminister ja juba nimetatud Unschlicht, pani sama aasta juulis kokku kõik kogutud andmed ja koostas asjakohase üldnimekirja. Seejärel hakatigi haritlasi riigist välja saatma.
Tõsi, mõnedele väga hinnatud spetsialistidele tehti siiski erand. GPU-s tegutses Dzeržinski juhtimisel komisjon, mis vaatas läbi erinevate asutuste palveid jätta Venemaale mõni spetsialist, kes oli rahvamajandusele väga oluline.
Harjumus otsida kõikjal vaenlast, eriti välismaist vaenlast, tekkis just Dzeržinski ajal.
Kroonlinna ülestõusu