Ma tahaksin, et KK otsustaks, kui kauaks ma pean siia jääma. Minu siinviibimine tugevdab Tšekaa tööd, mulle tundub, et kohalolek on hädavajalik. Kuid Moskvast kaebavad sm. Ksenofontov ja ka mõned teised nii Tšekaast kui ka töökomiteest, et ma olevat liiga kauaks Ukrainasse jäänud, seetõttu kannatab sealne töö. Mul endal on selle üle raske otsustada. Kavatsen siia jääda veel paariks nädalaks, seejärel aga tulla nädalaks Moskvasse, et siis jälle siia sõita. Jään ootama KK otsust.”
Lenini palvel teatas KK sekretär Krestinski Dzeržinskile: „Ootame teid Moskvasse pleenumi ajaks, arvatavasti peate jääma siia umbes kaheks nädalaks (pleenum, Internatsionaal, töökomiteede nõupidamine), seejärel võite Ukrainasse tagasi minna.”
Arvatavasti leidis Lenin, et saab Moskvas hakkama ka ilma Felix Edmundovitšita.
Trotski on hiljem meenutanud:
„Dzeržinski paistis silma suure sisemise aususega, püüdlikkusega ja impulsiivsusega. Teda võim ei rikkunud. Kuid neist omadustest ei piisanud alati nende ülesannete lahendamiseks, mis talle anti. Lenini ajal ei saanud juttugi olla, et ta oleks võetud poliitbüroo koosseisu…
Dzeržinski ei osanud iseseisvalt mõelda. Ta ei pidanud ka ise ennast poliitikuks, vähemalt Lenini eluajal mitte. Mulle ütles ta lausa mitu korda: „Ma pole ehk väga halb revolutsionäär, kuid ma ei ole juht, pole riigimees.” See polnud mitte ainult tagasihoidlikkus. Selline enesehinnang oli sisuliselt õige. Poliitiliselt vajas Dzeržinski alati kellegi vahetut juhtimist…
1921. või 1922. aastal kaebas Dzeržinski mulle, ja tema hääles oli tunda saatusele alistumist, et Lenin ei pea teda poliitikategelaseks. „Ta ei pea mind organisaatoriks, riigimeheks,” väitis Dzeržinski.
Lenin polnud sugugi vaimustatud Dzeržinski tööst teede rahvakomissari ametis. Dzeržinski polnud tõepoolest organisaator selle sõna laiemas mõttes. Ta köitis kaasöölised enda külge, ta organiseeris neid oma isiksusega, kuid mitte töömeetoditega… 1922. aastal olid Dzeržinski ja Ordžonikidze rahulolematud ja küllaltki solvunud. Stalin haaras nad kohe enda käpa alla.”
Juba välismaal kirjutatud raamatutes pöördus Trotski mitmel korral tagasi Felix Dzeržinski isiku juurde:
„Paar-kolm aastat hoidus Dzeržinski selgelt minu poole. Viimasel aastal aga toetas ta Stalinit. Majandustegevuses püüdis ta asja lahendada oma temperamendiga: kutsus üles, andis takka ja innustas. Läbimõeldud majanduslikku kontseptsiooni tal aga ei olnud…
Lenini ja Dzeržinski suhted hakkasid jahenema siis, kui Dzeržinski sai aru, et Lenin ei pea teda võimekaks majandusjuhiks. See tegelikult tõukaski Dzeržinskit Stalini poole. Ja siis pidas juba Lenin vajalikuks nuhelda Dzeržinskit kui Stalini pooldajat.”
Trotski ilmselt eksis: Dzeržinski polnud otseselt Stalini meeskonnas. OGPU pidi ju partei otsuse kohaselt võitlema opositsiooniga. 1923. aastal tegi Dzeržinski ettepaneku kohustada kõiki partei liikmeid teatama riikliku julgeoleku organeile igasugusest fraktsioonilistest ülesastumistest. See otsus võeti entusiasmiga vastu. Kaebustest puudust ei olnud.
Dzeržinski kritiseeris karmilt Zinovjevit ja Kamenevi, sest ei toetanud nende majandusprogrammi, mis nägi ette kasutada rangeid administratiivseid vahendeid, mitte aga majandusliku mõjutamise hoobasid. Ta ei teadnud siis veel, et nende programmist saab Stalini pealiin. Selle ajani Dzeržinski ei elanudki.
Lenini suhtumine Dzeržinskisse muutus päris halvaks 1922. aastal. Lenin määras ta komisjoni etteotsa, mis pidi tegelema Gruusia kommunistide kaebustega partei Taga-Kaukaasia kraikomitee esimese sekretäri Sergo Ordžonikidze vastu, kes oma alluvaid lihtsalt kamandas, ahistas nende iseseisvust, käitus nendega väga jämedalt ja koguni lõi Gruusia KP Keskkomitee liiget Kabahhidzet, kes oli teda „Stalini eesliks” sõimanud. Kabahhidze esitas seepeale kaebuse. See siiski käiku ei läinud.
Stalini kantseleiülem Amajak Nazaretjan kirjutas oma sõbrale Sergole, et Matvei Škirjatov, kes oli partei ridade kontrollimise ja puhastamise keskkomisjoni esimees, olevat juhtunust kuuldes naernud ja öelnud: „Kahju, vähe sai, ainult ühe korra!”
Grusiinid tegid ettepaneku, et Gruusia astuks NSV Liidu koosseisu otse, kuulumata ebavajalikku vaheastmesse – Taga-Kaukaasia Föderatsiooni, nagu hiljem juhtuski. Dzeržinski oli kindlalt Ordžonikidze poolt. Ta oli alati kõige vastu, mida võis pidada natsionalismiks või separatismiks.
Lugenud komisjoni ettekande läbi, süüdistas Lenin kurjalt Dzeržinskit, Stalinit ja Ordžonikidzet suurvene šovinismis, lisades solvavalt: „On ju teada, et venestunud muulased pingutavad ehtvenelasliku meelsuse ilmutamisel alati üle.”
Lenin käskis kõik Dzeržinski komisjoni esitatud materjalid uuesti üle kontrollida, „et parandada tohutu hulk vigu ja eelarvamuslikke otsuseid, mida neis materjalides kahtlemata esineb”. Ja lisas: „Selle tõepoolest natsionalistliku suurvene kampaania eest vastutavad poliitiliselt kahtlemata just Stalin ja Dzeržinski.” Tekkis küsimus Dzeržinski vallandamisest, kuid just siis halvenes Lenini tervis järsult – teda tabas osaline halvatus, ta kaotas kõnevõime ja sellega kogu asi lõppeski.
Pärast Lenini surma juhtis Dzeržinski Lenini mälestuse jäädvustamise komisjoni. Just tema tõstatas idee, et Lenini välimus peaks säilima ka pärast surma. Dzeržinski väitis, et kui juba tsaare palsameeriti, siis Lenini palsameerimata jätmine oleks lausa kuritegu. Dzeržinski juhtimisel rajati väga lühikese ajaga ka esimene mausoleum.
Lenini matus, mida me sellest praegu ka ei arvaks, oli tookord erakordselt tähtis poliitiline sündmus. Oma vanaisa Vladimir Mletšini märkmetest, kes sel ajal õppis Moskva Kõrgemas Tehnikakoolis, millele anti hiljem Baumani nimi, leidsin ma selle päeva kirjelduse:
„27. jaanuaril läksin ma Punasele väljakule, kus põlesid lõkked. Nende ääres soojendasid end miilitsamehed, keda oli seal üsna vähe, olid ka mõned punaarmeelased ja olid inimesed, kes tulid Leniniga hüvasti jätma. Kes oli see mees, kes taipas sel päeval tuua kohale puid ja süüdata need arvukad lõkked? See mees vääriks ausammast. Mitte ainult seepärast, et päästis külmumisest sadu, aga võib-olla tuhandeid inimesi. Ta näitas ilmekalt, kuidas tuleb tegutseda isegi sellistel hetkedel, kui kõik tavaline ja igapäevane tundub olevat tühine ja kolmandajärguline.
Sammassaali juurde ja sealt edasi Punasele väljakule läksin ma koos Miron Volfsoniga. Ta oli vanema põlve revolutsionäär, kes oli kaks või kolm korda Verhojanskist asumiselt põgenenud, tungides sadu kilomeetreid läbi taiga, kus polnud mingit võimalust ennast soojendada ega varjata.
Me elasime ühes majas, mängisime tihti malet, õhtul jalutasime „B” ringteed mööda – siis tähendas see ringi tegemist peaaegu ümber kogu Moskva. Kui ma kahtlesin, kas me üldse Punasele väljakule pääseme, seal on liiga palju rahvast ja ka ilm on väga külm, vaatas Miron Borissovitš mind iroonilise muigega: mida sa ka väärt oled, kui sa kahekümne kahe aastasena kardad Moskvas külma?
Me pääsesime Punasele väljakule. Rahvast oli tõesti palju, kuid polnud mingit trügimist ega korrarikkumist. Militsionääre oli üsna vähe. Kord säilis iseenesest. See polnud rahvamass, seal liikus küll tuhandeid inimesi, kuid igaüks neist teadis instinktiivselt oma kohta, keegi ei trüginud ega tõugelnud, keegi ei püüdnud ettepoole jõuda.
Sellist mitte kellegi poolt organiseeritud loomulikku korda pole ma hiljem enam kunagi näinud ei paraadidel ega demonstratsioonidel, mis paistsid silma aasta-aastalt suureneva korrakaitsjate hulgaga ja rahvahulga üha kahaneva sisemise distsipliini ja eneseorganiseeritusega. Julma järjekindlusega võõrutati inimesi iseseisvast liikumisest elus. Ja ka tänavatel.”
Siseasjade rahvakomissarina (selles ametis oli Dzeržinski neli aastat, 30. märtsist 1919 kuni juuli alguseni 1923) ei paistnud ta eriti silma: ta tegeles vaid Tšekaaga. Edukamalt töötas ta teede rahvakomissarina (1921. aasta aprillist kuni 1924. aasta veebruarini) ja kõige silmapaistvamalt NSV Liidu Kõrgema Rahvamajandusnõukogu (VSNH) esimehena (1924. aastast kuni surmani).
Tšekist Dzeržinskist sai suurepärane majandusmees, kuigi tal ei olnud majanduslikku haridust.
10. aprillil 1922 Leninile saadetud kirjas, mis avaldati