25. septembril 1936. aastal, olles Sotšis puhkusel, saatis Stalin poliitbüroo liikmetele kirja, millele koos temaga oli alla kirjutanud ka KK poliitbüroo liikmekandidaat ja orgbüroo liige Andrei Ždanov. „Peame absoluutselt vajalikuks ja kiireks ülesandeks määrata siseasjade rahvakomissariks sm. Ježov. Jagoda pole trotskistlik-zinovjevliku bloki paljastamisel ilmselgelt oma ülesannete kõrgusel. OGPU on selle asjaga neli aastat hiljaks jäänud. Seda räägivad kõik parteitöötajad ja suurem osa oblastite siseasjade osakondade esindajaid.”
Miks Stalin käskis Jagoda ära koristada? Ikka samal põhjusel, miks ta pidevalt kogu juhtkonnas vahetusi tegi: ta pani inimesed lahendama mingit konkreetset ülesannet, seejärel püstitas uue ülesande ja valis selleks ka uued inimesed. Tema favoriidid vaheldusid kiiresti. Sel hetkel aga meeldis talle kangesti just imestamisväärselt kuulekas ja töökas Nikolai Ježov.
Jagoda oli liiga kauaks julgeolekusse pidama jäänud, ta oli kaotanud oma haarde, rahulikuks muutunud, ta ei märganud enam, kui palju on ümberringi vaenlasi. Uus mees selles ametis teeb kindlasti rohkem. Nii see läkski. Ježov andis asjale hoogu juurde…
Jagoda ajal, aastail 1934–1935 arreteeriti 260 000 inimest. Aastail 1936–1937, Ježovi ajal aga juba 1,5 miljonit, pooled neist lasti maha.
Algas tõeline kuritegevuse orgia.
Varem oli paljugi sõltunud kohaliku parteijuhi ja NKVD valitsuse ülema isiklikest omadustest: kes püüdis käsku täita, kes oli aga ettevaatlikum. Kui Ježov Jagoda asemele sai, algas plaanipärane töö inimeste hävitamisel.
Genrihh Jagoda oli sellel ametipostil viimane tegelane, kellega oli veel võimalik kokku leppida, talle midagi seletada ja mõni süütu inimene päästa. Jagoda tunnistas küll väga harva oma ametkonna vigu, see oli tõesti haruldane asi, kuid Ježovi ajal oli see juba täiesti võimatu.
Ježov käskis sulgeda Poliitilise Punase Risti (eri aegadel nimetati seda veel ka poliitiliste väljasaadetute abistamise komiteeks ehk lühendatult Pompolit’iks ja veel ka poliitvangide abistamise assotsiatsiooniks), mis oli eksisteerinud 1918. aastast.
Jagoda ajal oli Poliitiline Punane Rist veel olemas. Seda juhtis Jekaterina Peškova (1876–1965), Maksim Gorki naine, kes enne revolutsiooni oli kuulunud esseeride parteisse.
Tema vastuvõturuumis, mis asus aadressil Kuznetski Most 24, oli järjekorras alati suur hulk inimesi. Arreteeritute sugulased jooksid sinna abi saama, sest kellegi teise poole polnud neil võimalik pöörduda. Dzeržinskiga vesteldes õnnestus Peškoval mõned inimesed päästa. Pärast temaga rääkimist tunnistas Tšekaa esimees vahel isegi: jah, nähtavasti teeme palju ülearust.
Pärast Dzeržinski surma muutusid Poliitilise Punase Risti võimalused ahtamaks: inimesed kartsid annetada raha niinimetatud rahvavaenlaste abistamiseks. Peškova ja tema abilised said vaid uurida, kus arreteeritu viibib ja soovitada omastele, mida need võiksid ette võtta.
Jagoda oli aga Gorkiga sõbrustanud ja seepärast oli tal raske Peškovaga kohtumisest keelduda. Nende kohtumiste ajal õnnestus Peškoval vahest harva ka kohtuotsust pehmemaks muuta. Jagoda isegi tunnistas sel puhul, et Peškoval on õigus ja ütles: „Nähtavasti me pingutasime üle.”
Ajaloodoktor Oleg Hlevnjuki arvates oli Jagoda saatus otsustatud, kui 1936. aasta 22. augustil lõpetas elu enesetapuga endine poliitbüroo liige ja ametiühingute juht Mihhail Tomski. Ta jättis Stalinile lahkumiskirja, mille lõpus oli ootamatu märkus: „Kui sa tahad teada, kes on need inimesed, kes tõukasid mind 1928. aasta mais parempoolse opositsiooni teele, siis küsi seda isiklikult minu naiselt, ainult siis ta võib neid nimetada.”
Stalin puhkas sel ajal lõunas. Majapidamist juhtima jäänud KK sekretär Lazar Kaganovitš ja poliitbüroo liige Sergo Ordžonikidze saatsid Tomski lese juurde Parteikontrolli Komisjoni esindajana viisaka ja hoolitseva Nikolai Ježovi.
Kui Ježov tagasi tuli, kandis ta ette, et Tomski olevat pidanud silmas Jagodat, kes olevat mänginud väga aktiivset rolli parempoolsete juhtivas kolmikus, ta olevat neile regulaarselt edastanud materjale olukorrast keskkomitees ja olevat nende tegevust igati aktiviseerinud.
See on täiesti müstiline versioon, milliseid Lubjanka ajaloos on palju. Jagoda ei saanud Buhharinile ja Rõkovile lähedane olla. Kuid Ježov, kes kippus tähtsate asjade lahendamist juhtima, kirjutas Stalinile ettekande:
„NKVD-s on ilmsiks tulnud nii palju puudusi, et minu arvates ei ole võimalik neid enam kauem kannatada… Tšekistide juhtivas ladvikus on üha rohkem maad võtnud enesega rahulolu ja enesekiituse meeleolu. Selle asemel, et teha järeldusi trotskistide süüasjast ning kritiseerida oma puudusi ja neid parandada, unistavad need mehed seal nüüd vaid sellest, et saada avastatud kuritegude eest ordeneid.”
Ježov kandis ette, et on täitnud Stalini korralduse ja organiseerinud kõigi viimasel ajal arreteeritute nimekirjade ülekontrollimise, et leida, kellele veel võiks kohtuotsuse langetada: „Maha tuleb lasta üsna muljet avaldav hulk. Mina isiklikult arvan, et seda tuleb teha, lõpetada ühe hoobiga kogu see jälkus.”
26. septembril 1936 määrati Jagoda Rõkovi asemele side rahvakomissariks (järgmisel aastal olid nad juba koos kohtu all). Kolme päeva pärast kinnitati Jagoda esimeseks asetäitjaks tema endine asetäitja NKVD-s Georgi Prokofjev. Ka tema lasti maha. Agranov jäeti esialgu tööle NKVD-sse, et ta saaks asjad Ježovile üle anda.
Jagoda uude rahvakomissariaati üleviimise mõte oli selge ainult asjaosalistele. Paljud arvasid naiivselt, et Jagoda kui osav administraator saadeti teises ametkonnas korda looma: sel ajal paisati juhtijaid sageli ühest ametist teise.
Jagoda ise sai ilmselt juba aru, mis teda ees ootab. Tema teadis seda Stalini lemmikmeetodit. Kõigepealt tõmmati inimene välja harjunud keskkonnast, määrati teisele, vähemtähtsale ametikohale, siis aga sattus tema nimi juba julgeoleku toimikutesse, NKVD saatis kogutud materjalid Stalinile ja poliitbüroo võttis vastu otsuse vabastada süüdistatav ametist, heita ta parteist välja ja anda asi uurimiseks prokuratuurile. Ta oli ise palju kordi sellistes mängudes osalenud. Nüüd oli saabunud aeg, mil ta ise oli vaid nupp teiste käes.
29. jaanuaril 1937 saatis Kesktäitevkomitee riikliku julgeoleku kindralkomissari Jagoda erru. Tema marssaliauaste teda enam ei kaitsnud.
18. märtsil, esinedes NKVD juhtivtöötajate ees, ütles uus rahvakomissar Ježov, et Jagoda olevat olnud tsaari ohranka agent, varas ja raiskaja.
3. aprilli Pravdas teatati, et „seoses ilmnenud kriminaalse iseloomuga kuritegudega” on side rahvakomissar Jagoda ametist vabastatud, tema süüasi on antud uurimiseks vastavatele organitele. Järgmisel päeval, 4.aprillil ta arreteeriti.
Orderi Jagoda arreteerimiseks allkirjastas teda välja vahetanud Ježov.
Läbiotsimise protokollis oli kirjas:
„1937. aastal, aprilli 8. päeval
Meie, allakirjutanud, brigaadikomandör Ulmer, riikliku julgeoleku kapten Denotkin, riikliku julgeoleku kapten Brill, riikliku julgeoleku vanemleitnant Berezovski ja riikliku julgeoleku vanemleitnant Petrov, korraldasime NSVL NKVD orderite nr. 2, 3 ja 4 alusel, välja antud 28. ja 29. märtsil 1937, ajavahemikus 28. märtsist kuni 5. aprillini 1937 läbiotsimise G. Jagoda korteris, laoruumides Miljutini põiktänava majas nr. 9, Kremlis, tema suvilas Ozerkis ning side rahvakomissariaadi kabinetis ja laoruumis.
Läbiotsimiste tulemusena leiti:
Nõukogude raha 22 997 rubla ja 59 kop., sealhulgas hoiuraamat summaga 6180 rbl. 59 kop.;
Erinevaid veine, suurem osa neist välismaised, valmistatud aastail 1897, 1900 ja 1902–1229 pdl.;
Pornograafiliste fotode kollektsioon – 3904 tk.;
Pornograafilisi filme – 9 karpi;
Erinevaid välismaiseid sigarette, Egiptuse ja Türgi toode – 11 075 tk.;
Välismaist tubakat – 9 karpi;
Meeste palituid, erinevaid, enamikus välismaiseid – 21 tk.;
…
61. Välismaiseid