В начале сентября немецкие войска подошли к Перекопу. Флот оказал существенную помощь армии в оборонительных боях в этом районе, передав на позиции восемь береговых батарей (34 орудия калибром 100–152 мм), а также группу флотской авиации в числе 76 самолетов (включившую в дальнейшем эскадрилью штурмовиков Ил-2). В боях за Ишуньские позиции активное участие принимала 7-я бригада морской пехоты.
После прорыва армии Э. фон Манштейна на территорию Крыма над Севастополем нависла прямая угроза. Несмотря на упорное сопротивление советских сил, остановить немецкое продвижение в Крыму не удалось. 30 октября 1941 г. передовые части 11-й армии Вермахта подошли к Севастополю. В этот период город оборонялся гарнизоном, состоящим еще только из морских частей. В начале обороны гарнизон Севастополя включал, вместе с прибывшей из Новороссийска 8-й бригадой морской пехоты, три полка и 19 батальонов численностью около 23 тыс. чел. Моряки сыграли решающую роль в срыве немецких планов по захвату Севастополя с ходу. Морская пехота смогла отразить первый натиск врага до подхода теснимых противником соединений Приморской армии, начавших прибывать к городу 3 ноября.
В связи с этим командующим войсками Крыма вице-адмиралом Г.И. Левченко были созданы Севастопольский и Керченский оборонительные районы, в целях организации централизованной обороны при участии разнородных сил, как это было отработано в Одессе. Севастопольский оборонительный район (СОР), руководство которым было 7 ноября возложено на командующего Черноморским флотом вице-адмирала Ф.С. Октябрьского, включил в свой состав войска Отдельной Приморской армии, с боями пробившиеся в Севастополь.
Безусловно, в обороне Севастополя на всех ее этапах флот сыграл одну из важнейших ролей. Прежде всего, располагая мощной береговой и корабельной артиллерией, Военно-морской флот представлял собой внушительную огневую силу. Во-вторых, Севастополь, изолированный противником с суши, мог получать пополнение и боеприпасы исключительно морским путем, и от действий флота по организации и защите перевозок всецело зависела судьба гарнизона. В-третьих, Приморская армия, занявшая оборону города, непрерывно усиливалась частями морской пехоты, оказавшимися при этом наиболее крепкими и стойкими в бою на каждом этапе обороны Севастополя. Части морской пехоты всегда действовали на самых ответственных участках фронта. Например, в ноябре 1941 г. в четырех секторах обороны