С переходом Красной армии советско-польской границы, оперативные группы НКВД, находясь в зоне действия передовых частей Красной армии, незамедлительно приступили к проведению намеченных мероприятий. Так, в занятом к исходу дня 17 сентября Тарнополе оперативно-чекистская группа захватила помещение разведпляцувки экспозитуры №5, её архив, картотеки и даже некоторое количество личного состава, а к концу ноября удалось разыскать и задержать 60 агентов и содержателей конспиративных квартир польских спецслужб. В руках оперативных групп оказалось большое количество личных и рабочих дел агентов и конфидентов польских разведывательных органов, что позволило выявить около 500 агентов на территории Западной Украины и Западной Белоруссии.
Говоря об особых пограничных батальонах, придаваемых оперативным группам НКВД, следует отметить, что они являлись временными воинскими формированиями и номеров не имели. В начале ноября 1939 года, после выполнения возложенных на них задач, они были расформированы. Приказом НКВД СССР 2 ноября 1939 года для укомплектования вновь организованных областных Управлений НКВД на территории Западной Белоруссии и Западной Украины из состава особых пограничных батальонов было передано в их состав около 150 оперативных сотрудников и более 300 человек из лиц командно-начальствующего, младшего начальствующего и рядового состава пограничных войск для организации там комендантской службы.
Точно по такому же сценарию развивались события через несколько месяцев в ходе советско-финляндской войны, а также в период ввода частей и соединений Красной армии в Бессарабию и Северную Буковину. Также были созданы оперативные группы из числа сотрудников НКВД и политработников погранвойск, которые во взаимодействии с партийными и советскими работниками приграничных областей и республик, оказывали помощь «народным» правительствам в установлении новой власти в захваченных районах. В их подчинение также передавались особые батальоны пограничных войск для обеспечения деятельности указанных групп.
К примеру, 29 ноября 1939 года начальником особого отдела Ленинградского военного округа майором госбезопасности Сидневым подписано приказание, в котором говорится:
«Для выполнения специального задания назначаю оперативную группу… и 20 человек красноармейцев с четырьмя пулеметами. Транспорт – две грузовых автомашины.
Тов. Лавнееву подготовить группу к 24.00, иметь трехсуточный запас