Различные коллегии и канцелярии, сверх своих прямых обязанностей, решали ещё и конкретные задачи в сфере городского управления и контроля. Так, Коммерц-коллегии полагалось следить за тем, чтобы на рынках не обманывали покупателей и соблюдали чистоту. На Адмиралтейство после разрушительного наводнения 1777 г. возложили обязанность предупреждать город об угрозе подъёма воды и инспектировать частные мосты через Неву. Военная коллегия содержала будки для часовых на перекрёстках по всем центральным районам города. Мануфактур-коллегия до своей ликвидации в 1779 г. силами Мануфактур-конторы контролировала все виды промышленной деятельности (хотя и не все предприятия) в городе[208]. Даже у Медицинской коллегии в столице имелись определённые обязанности, в том числе надзор над аптеками, фабрикой по изготовлению хирургических инструментов, госпиталями и медицинскими училищами, а также проведение прививок и предотвращение инфекционных болезней. Многие из этих задач, наряду с другими, не приведёнными здесь в качестве примеров, совпадали с обязанностями местных административных органов, усугубляя царивший в делах хаос.
Военный губернатор Петербурга командовал многочисленным гарнизоном, постоянно находившимся в городе. Как военному коменданту ему полагалась резиденция в Петропавловской крепости, и там же размещалось его ведомство. Этому воинскому начальнику подчинялись некоторые важнейшие промышленные предприятия в городе – Монетный двор, Литейный завод. Он также ведал продовольственным снабжением значительной части столичного населения и командовал войсками, которые исполняли церемониальные обязанности и несли караульную службу в столице и её окрестностях.
Ещё более важную роль в надзоре за работой городских органов местного управления играли гражданский губернатор и губернская канцелярия. До губернской реформы 1775 г. санкт-петербургский губернатор и его штат редко занимались повседневными проблемами столицы, хотя их конторы размещались именно здесь, а кроме Петербурга во всей губернии не имелось ни одного сколько-нибудь крупного города. Однако их присутствие всё же ощущалось. В 1765 г., определяя обязанности санкт-петербургского и московского губернаторов, Екатерина напомнила им, что, хотя столичные города и не находятся под их прямым контролем, они вправе судить о том, насколько хорошо и справедливо поставлено управление столицами, и вмешиваться, если оно кажется им неудовлетворительным. Она также предписала губернаторам постоянно координировать свою деятельность с полицмейстерами, стараясь при этом не вторгаться в сферу прав и обязанностей полиции