В последние месяцы своего пребывания во властных структурах, помимо руководства столицей, он заведовал и всей внешней политикой.
Более того, устроив опалу своему конкуренту в ближайшем окружении императора Ф. В. Ростопчину, Пален занял вместо него место первоприсутствующего члена Иностранной коллегии.
Кроме того, он ещё более усилил своё значение с приобретением (18 февраля 1801) поста главного директора почт, позволявшего ему просматривать корреспонденцию своих врагов.
Так или иначе, но его добродушие, весёлость, беззаботность были всего лишь маской под которой скрывался совсем другой человек, который вскоре показал свое истинное лицо.
А затем случилось то, что случилось!
В ночь на 12 марта 1801 г. от «апоплексического удара» скончался русский монарх Павел I!
На самом деле, вот что случилось…
Будучи исключительно проницательным человеком, Петр Алексеевич, чувствуя всю непрочность своего положения при государе «с повадками бенгальского тигра», возглавил заговор высокопоставленных сановников против императора, сложившийся еще в 1800 г.
Душа и организатор заговора Пётр Пален – петербургский генерал-губернатор и глава тайной полиции – в нем играл двойную роль, стараясь в случае неудачи отойти от участия в нём. Он добился от императора письменного повеления арестовать наследника и показал его Александру Павловичу, чтобы побороть его колебания в необходимости заговора.
Накануне цареубийства для храбрости заговорщики крепко выпили, а многие из них, очевидно, слишком крепко «заложили за воротник». Рассказывали, что вроде бы Пален, мгновенно оценив ситуацию «их состояние взведенного курка», напутствовал всех подельников весьма многозначительной фразой: что-то типа: «Помните, господа: чтобы полакомиться яичницей, надо прежде всего разбить яйца!».
Царь был убит офицерами в Михайловском замке в собственной опочивальне в ночь на 12 марта 1801 г. Все подробности цареубийства установить невозможно.
В сохранившихся сведениях много неточностей и неясностей. Неизвестно точное число заговорщиков. В некоторых дошедших до нас документах цифра колеблется от 30 до 300 человек, в частности, упоминаются командиры гвардейских полков: Семеновского – Леонтий Депрерадович, Кавалергардского – Фёдор Уваров, Преображенского – Пётр Талызин.
Хотя причастность сыновей к заговору не была доказана, но изучение правления Павла Петровича в первой половине XIX века (т.е. в годы правления Александра I, а затем и его малолетнего в пору убийства их отца брата Николая), не поощрялось. Компрометирующие заговорщиков материалы были уничтожены. Архивы заговорщиков Палена, Зубовых, Уварова были выкуплены