Церковь и иконостас неоднократно страдали от пожаров, довольно частых в Черкасске XVIII–XIX веков. Особенно сильно пострадал храм от августовского пожара 1744 года, когда сгорел практически весь Черкасск. Восстановили храм московские мастера, и в 1751 году его заново освятили. 6 августа того года придел Преображения Господня освятил прибывший для освящения трех черкасских церквей (войскового собора, Петропавловской и Преображенской церквей) епископ Воронежский и Елецкий Феофилакт[9]. Через два дня чин освящения предела Пророка Илии совершил архимандрит Варсонофий, а 10 августа архимандрит Корнилий освятил престол Фрола и Лавра[10].
В 1788 году из-за непогашенной пономарем свечи от пожара сильно пострадал иконостас Преображенской церкви. Его восстановили к 1793 года, и 29 сентября этого года, как видно из записок черкасского священника В. Рубашкина, церковь заново была освящена. Причем освящение провел прибывший в Черкасск епископ Воронежский Иннокентий[11].
В конце XIX столетия в Ратной церкви стараниями известного ростовского живописца и иконописца Елисея Григорьевича Черепахина (1837–1922) был сооружен новый иконостас из 28 икон[12].
Церковь была богата утварью и украшениями. По данным Григория Левицкого, в ней к середине XIX столетия имелось более 150 килограммов серебра, 99 яхонтов, 400 изумрудов[13]. Ценность представляли и имевшиеся здесь иконы XVI – XVIII веков, украшенные жемчужными ризами и серебряными с позолотой окладами[14].
На колокольне Преображенской церкви находился колокол в 218 пудов[15], отлитый на одном из Демидовских заводов. На нем имелась надпись: «Сей колокол лит в Сибири на заводе статского действительного советника Иакинфа Никитина сына Демидова, по обещанию великого канцлера князя Алексея Михайловича Черкасского, под Москвою его светлости в отчину село Останково, в церковь Живоначальныя Троицы»[16]. В Преображенскую церковь колокол попал случайно. Когда умер князь Черкасский, заказчик колокола, его наследники отказались платить за уже готовое изделие. Тогда донской наказной атаман Данила Ефремов купил колокол для Преображенского храма, водным путем доставив в Черкасск.
Полы в этой церкви были выложены тяжелыми металлическими плитами, плотно подогнанными друг к другу. А вокруг храма в 1841 году соорудили каменную ограду с металлическими решетками. Остатки этой ограды сохранились до настоящего времени; сейчас идет ее восстановление.
Ратная церковь, сооруженная на высоком месте, тем не менее, иногда подвергалась другому типичному для Старого Черкасска бедствию – наводнениям. Так, во время мощнейшего наводнения 1845 года вода поднялась в храме