О наличии у старца высоких покровителей в Кремле летом 1649 года свидетельствует и то, что перед самым его отъездом на Соловки, 30 или 31 июля, в инструкцию для игумена Ильи вписали имя «старца доброго». Опять же кого-то при дворе очень волновало, чтобы ученый грек попал там, на острове, в хорошие руки. Этот кто-то не поленился навести справки и, взяв на себя функции монастырского игумена, конкретизировать, кому лучше надзирать за Арсением, – «уставщику старцу Никодиму». Арсения привезли в Соловецкий монастырь 1 сентября 1649 года. Монахи встретили его настороженно, и прошло какое-то время, прежде чем монахи оценили кроткий и покладистый характер еще не старого, лет сорока, грека. Он легко приноравливался к нормам и обычаям тех краев, куда заносила судьба. Приспособился и к соловецкому распорядку, быстро вжившись в коллектив обители и завоевав уважение большинства братьев.
Конечно, и Никону, и Морозову пригодился бы специалист-полиглот, разбиравшийся в католичестве, исламе, православии по-гречески, знакомый с Богданом Хмельницким. Только ссора с Ванифатьевым грозила катастрофой: протопоп не простил бы Никону переориентацию на партию войны, возглавляемую Морозовым. Отец Стефан разозлился на патриарха Иосифа за неодобрение единогласия. За малейший признак сочувствия тем, кто ратовал за разрыв с Польшей, покарал бы жестче и безжалостно по сути, хотя по форме опала выглядела бы благопристойно: неугодный по служебной надобности покинул бы Москву, причем надолго.
Насколько тема войны неприятна Ванифатьеву, хорошо все уяснили на отпускной аудиенции патриарха Паисия 6 мая 1649 года. Внешние почести не обманули владыку. То, за чем он приехал в Москву, в ответной речи отсутствовало. По украинской проблеме царь предпочел отмолчаться. Однако Паисий через А. М. Львова и М. Д. Волошенинова настоял на обнародовании официальной позиции Алексея Михайловича. Требование удовлетворили 9 мая. Львов и Волошенинов навестили патриарха и огласили мнение государя: «У его царского величества с великими государи короли польскими… вечное докончанье. И его царскому величеству своих государевых ратных людей на помочь войску запорожскому за вечным докончаньем дати и войска запорожского з землями в царского величества