Во время пребывания двора в Москве в силу политических соображений был решён важный для цесаревича вопрос, правда не в его пользу, относительно его Голштинского наследства. Императрица Екатерина именем несовершеннолетнего сына отказалась от прав на Шлезвиг, и уступила Дании герцогство Голштинское в обмен, на графства Ольденбургское и Дельменгорсткое, предназначенное младшей линии Голштейн-Горттрпского дома. Шильдер обратил внимание на то, что за Великим князем и его наследниками должен был остаться титул герцога Шлезвиг-Голштейн-Готторпского. Екатерина подписала предварительный договор с Данией, который должен был вступить в окончательную силу по достижению Павлом Петровичем совершеннолетия в апреле 1767 года в Копенгагене, и утвердила его в Москве в сентябре 1767 года. История с Голштинским наследством была закончена трактатом 21 (31) мая 1773 года. В результате Павла не только лишили надежды вступить на родительский престол при жизни матери, но, и даже отцовского наследства.
Разразившаяся эпидемия оспы не щадила и высшее петербургское общество. В мае 1768 года умерла от оспы невеста графа Панина, графиня А. П. Шереметева. На время её болезни Павел жил в Царском Селе при Екатерине, которая обещала Панину, что „сына своего ни весть какъ няньчить станетъ“. [31] Павел принял самое теплое участие в горе своего воспитателя. Императрица пригласила из Англии Известного доктора Димсдейла85. В начале августа 1768 года он был представлен императрице, а затем, 12 (23) октября 1768 года после почти двухмесячных опытов и приготовлений, привил оспу императрице Екатерине в Зимнем дворце. Во избежание толков и беспокойства среди жителей государыня на другой день переехала на время в Царское Село. 1 (12) ноября после молебна Екатерина возвратилась в Петербург, где в Зимнем дворце её встретил цесаревич. Прививка наследнику была задержана, поскольку 22 октября (2 ноября) он заболел летучей оспой. После выздоровления Димсдейл привил цесаревичу оспу 1 (12) ноября.
Война с Турцией и нерезультативная работа собрания привела в конце 1768 года к роспуску его членов. Не дождавшись желаемого результата, из-за неумения Бибикова и других лиц, Екатерина отложила работу над Уложением до лучших времён. Подготовительная работа была продолжена некоторыми частными комиссиями до 1774 года. Екатерина стала забывать о своей Комиссии и отказалась от её законодательной деятельности с 1775 года. Тем не менее, неудачная работа Комиссии имела важное значение для её последующей деятельности. Дело затянулось до 1785 года.
По признанию Екатерины, Комиссия получила свет и сведение обо всей империи, с кем дело имеем и о ком пещись должно». “Она принялась по частям выполнять свой план, давала ряд отдельных законоположений, из которых замечательны губернские учреждения 1775 года и грамота сословиям 1785 года”. [31]
Мальчик превращался в юношу, начался второй воспитательный период