Ранним утром 22 июня 1941 года дивизия была поднята по тревоге. Несколько дней активности от противника не было, однако из-за угрозы окружения 44-я дивизия была вынуждена отступить. Отходили, прикрываясь заслонами вплоть до 4 июля. Здесь в районе Жовтень 146-й полк принял жесткий бой, после которого понес большие потери и лишился всей артиллерии. Далее, как и вся 12-я армия, 44-я горно-стрелковая дивизия находилась в Летичевском укрепленном районе. Соединение Ткаченко обороняло Винницу с 17 по 20 июля 1941 года. Далее дивизия должна была принять участие в контрударе, однако приказ был изменен, и соединение держало оборону в районе Липовца, тем самым прикрывая контрудар по 16-й танковой дивизии Вермахта. Бойцы генерала Ткаченко успешно отразили удар моторизованной бригады противника (в данном случае словаки), да так, что они были выведены в тыл на переформирование. Липовец удерживали вплоть до 24 июля 1941 года. За эти бои, кстати, генерал Ткаченко был представлен к Ордену Ленина, что показательно для лета 1941 года.
28 июля 1941 года 44-я горно-стрелковая дивизия была переброшена в район Краснополка и совместно с 99-й стрелковой дивизией нанесла удар по 125-й пехотной дивизии Вермахта, в итоге противнику было нанесено, хоть локальное, но поражение. Немцы были отброшены от Краснополка. До 30 июля Ткаченко со своим соединением успешно удерживал позиции. Далее перешли в район Умани. Противник уже замыкал окружение в районе Новоархангельска, и 44-я горно-стрелковая дивизия была брошена в контрудар. В итоге Новоархангельск был освобожден. Но успех вновь был локальным. 2 августа 1941 года немцы окончательно окружили 6-ю и 12-ю армии (Уманский котел). Вплоть до 4 августа генерал Ткаченко вел бои за Новоархангельск, но боеприпасы были на исходе и наши отошли, готовясь к прорыву из кольца. Попытка выхода из окружения была предпринята 7 августа 1941 года. В ходе прорыва Семен Акимович получил ранение в голову и руку и был взят в плен. Но это еще не все.
При пленении Ткаченко скрыл, что является генералом и командиром дивизии. Его как раненного украинца отпустили домой. Пешком Семен Акимович дошел до Узина, где его задержали полицаи. Далее Ткаченко содержался в Житомирском и Владимир-Волынском лагерях. Только в октябре был доставлен в Хаммельбург (лагерь для высшего комсостава). За попытку побега в октябре 1942 года генерала Ткаченко переводят в Нюрнбергскую тюрьму. Далее переводится в лагерь Флессенбург, откуда он вновь предпринял попытку побега летом 1943 года, но вновь безуспешно.
В ночь со 2 на 3 февраля 1945 года в лагере Заксенхаузен за подпольную работу и подготовку побега, немцы вели на кремирование 200 наших пленных воинов. Старшим из них был генерал Ткаченко, по его команде люди бросились на гитлеровцев.