Личный состав бронепоезда был вынужден принимать и непосредственное участие в боевых действиях. В бою под Свияжском, бронепоезд «наркома» подвергся нападению отряда «Народной армии» КОМУЧа, под командованием произведённого в генералы Владимира Каппеля. Отряд состоял из более чем тысячи бойцов. Поезд наркома был отрезан от «красных», «каппелевцы» нанесли внезапный удар. «Красноармейцы», охранявшие второй бронепоезд «Свободная Россия», который сопровождал бронепоезд наркома, запаниковали и разбежались. Отряд наркомовского поезда, оказал упорное сопротивление нападавшим и вызвали на помощь латышские части Вацетиса, благодаря наличию радиосвязи.
Троцкий, в своей книге «Моя жизнь» писал, «Тогда я не думал, что в этом поезде мне придётся провести два с половиной года. Из Москвы я выехал 7 августа, ещё не зная, что накануне пала Казань. С этой грозной вестью я столкнулся в пути. Наспех сколоченные „красные“ части снялись без боя и обнажили Казань. Одна часть штаба состояла из заговорщиков, другая оказалась застигнута врасплох или скрывалась поодиночке, под пулями. Где главнокомандующий и другие руководители армии, никто не знал. Мой поезд остановился в Свияжске, ближайшей крупной станции перед Казанью. В течение месяца здесь решалась заново судьба революции. Для меня этот месяц был великой школой».
Лев Троцкий, который по приказу Ленина приехал «спасать революцию», сместил с поста временно исполнявшего обязанности командующего, члена РВС Аркадия Розенгольца, место нахождения которого было неизвестно, он заблаговременно сбежал в Москву. Троцкий твёрдой рукой «укреплял дисциплину», не останавливаясь перед массовыми расстрелами. Он провёл во 2-м Петроградском полку показательную «децимацию», расстрел каждого десятого.
Из воспоминаний Троцкого, «На Волге стоял наготове пароход для штаба… Свежий полк, на который мы так рассчитывали, снялся с фронта во главе с комиссаром и командиром, захватил со штыками наперевес пароход и погрузился на него, чтобы отплыть в Нижний. Волна тревоги прошла по фронту. Все стали озираться на реку. Положение казалось почти безнадёжным. Штаб оставался на месте, хотя неприятель был на расстоянии километра-двух и снаряды рвались по соседству. Я переговорил с неизменным Маркиным. Во главе двух десятков боевиков он на импровизированной канонерке подъехал к пароходу с дезертирами и потребовал от них сдачи под жерлом пушки. От исхода этой внутренней операции зависело в данный момент всё. Одного ружейного выстрела было бы достаточно для катастрофы. Дезертиры сдались без сопротивления. Пароход причалил к пристани, дезертиры высадились, я назначил полевой трибунал, который приговорил к расстрелу командира, комиссара и известное число солдат. К загнившей ране было приложено калёное железо. Я