Уже в царствование Федора Ивановича упоминается, что в 1590 г. малороссийские казаки напали на Воронеж, выжгли его и убили воеводу Ивана Андреевича Долгорукого-Шабановского. Но через три года Воронеж был восстановлен царем Федором Ивановичем, укреплявшим города по украинской линии. В 1604 г. Воронеж, в числе других украйных городов, поддался Лже-Дмитрию, а затем в 1606 г. присягал уже самозванцу Лже-Петру. В 1613 г. Воронеж был разграблен казачьим начальником Заруцким, во время его похода к Астрахани. Царь Алексей Михайлович для безопасности Воронежа от набегов татарских, поселил в нем военных людей, а в семидесяти верстах ниже Воронежа построил города Коротояк и Урыв.
В 1672 г. Воронеж был опустошен страшным пожаром. Это обстоятельство, а также ветхость города побудили царя Федора Алексеевича построить новую обширную крепость. По описи 1676 г. в новой городской стене было пять башен с проезжими воротами и двенадцать глухих башен. С трех сторон вокруг города был проведен глубокий ров, усаженный частоколом, а с четвертой стороны город омывала река Воронеж. Сверх того, были построены караульные городки и башни на некотором расстоянии от Воронежа. В этой же описи значатся Акатов монастырь и церкви: Никольская, Ильинская, Пятницкая и др. На месте будущей Вознесенской церкви обозначен деревянный ветхий городок.
Самая замечательная эпоха Воронежа начинается со времен Петра I. В 1694 г. будучи в Воронеже, государь заметил, что местная река способна к судоходству и недалеко от города она впадает в Дон, ведущий к Азовскому морю. Кроме того, вокруг Воронежа было много леса, пригодного для кораблестроения. Уже в том же году государь прислал в Воронеж корабельных мастеров и плотников, снабдив их подробными инструкциями. Так была начата постройка верфи на одном из ближайших к городу островов реки Воронеж. Потом соорудили корабельные подмостки, и суда строили на берегу, у Успенской и Богословской церквях. Петр I часто бывал в Воронеже, закладывал корабли, сам работал в качестве мастера.
Деревянный Воронеж не раз горел. 24 апреля 1703 г. большой пожар уничтожил Ямскую слободу. В ночь с 9 на 10 мая 1748 г. Воронеж пережил самый страшный пожар, истребивший знаменитые украшения города, памятники петровских дел, государев двор, Немецкую слободу и все Присутственные места. Последний крупный пожар город пережил 10 августа 1773 г.
С учреждением Воронежского наместничества в 1779 г., преобразился и Воронеж. В нем появилась резиденция генерал-губернатора, каменные дома новейшей архитектуры. В соответствии с планировкой города, к центру примкнули слободы – Придача[13] и Троицкая