В 1558 г. был построен каменный Троицкий храм, богослужебную утварь для которого прислали царь Иван Васильевич и царица Анастасия Романовна.
В 1560 г., после четырехлетнего управления обителью, игумен Варлаам был отправлен на восстановление Авнежского монастыря, а через десять лет был хиротонисан в епископа городов Суздаля и Тарусы. Тринадцать лет он находился на этой кафедре, но не забывал и Махрищского монастыря. Ослабев и чувствуя приближение кончины, в 1583 г. преосвященный Варлаам оставил архиерейский престол и удалился в Махрищский монастырь, взяв с собой келейную Тихвинскую икону Божией Матери. Эта икона впоследствии прославилась чудотворениями. Ее носили по селам, а с начала XX в. с нею совершались крестные ходы – в Киржач, окрестные села, даже в Московскую епархию. 21 августа 1583 г. владыка Варлаам скончался. Его похоронили, согласно завещанию, с северо-западной стороны Троицкого собора. При перестройке собора в 1906 г. гроб его оказался внутри церкви. В том же году над его гробом была поставлена прежняя рака прп. Стефана.
Тяжкое разорение постигло обитель в советские годы. В 1993 г. на ее территории воздвигли первый крест. Началось постепенное восстановление монастыря как скита Успенского монастыря Александрова. В 1995 г. Лукианова пустынь получила самостоятельность.
Лукианова Рождество-Богородицкая мужская пустынь на Болоте. В десяти верстах к северу от Александрова находится монастырь Лукианова пустынь. Его история началась с 1594 г., когда приходской священник Григорий построил в существовавшем здесь с. Игнатьево деревянную церковь во имя Рождества Пресвятой Богородицы.
По прошествии некоторого времени, храмовая икона Рождества Пресвятой Богородицы троекратно являлась в трех верстах от церкви, в месте называвшемся Псковитино Раменье (Богородицкое), среди леса. Посоветовавшись с прихожанами, Григорий отправился в Москву, рассказал Патриарху Иову о дивных событиях и просил благословения перенести церковь в Псковитино Раменье. Патриарх дал свое благословение. Отец Григорий перенес церковь на новое место и сам поселился при ней. А в Игнатьево, на старом церковном месте поставили часовню. Во время литовского разорения церковь была разграблена, а священник Григорий пропал без вести.
В 1640 г. церковь была возобновлена трудами прп. инока Лукиана. Прп. Лукиан родился в городе Галиче. С юных лет мечтая об иноческой жизни, жил в разных монастырях (в обители свв. отец архиепископов Афанасия и Кирилла Александрийский, находящейся при реке Мологе в Угличском уезде, в Угличском Покровском монастыре). Придя в с. Игнатьево, прп. Лукиан застал церковь Рождества Богородицы в ветхом состоянии. От сырости повреждены были все иконы, кроме иконы Рождества Богородицы и запрестольного образа Смоленской Богоматери