Осенью – зимой 1907 года и Ленин, и Богданов перебрались в Женеву. Там и началось их сражение.
13 февраля 1908 года «тройка» большевиков – Ленин, Богданов и «Иннокентий» – приступили к изданию в Женеве «Пролетария». Но вскоре в редакции органа большевистской фракции начались трения, прежде всего по вопросу об участии в выборах в Государственную думу. Ленин выступал за то, чтобы принять в них участие, за сочетание как легального, так и нелегального способов работы. По некоторым данным, он сам был готов выдвигаться кандидатом в депутаты под псевдонимом «Карпов», но до этого дело так и не дошло.
Однако многие большевики выступали против участия в выборах и вообще легальной работы. «Бойкотисты» требовали бойкотировать Думу, «отзовисты» – отозвать из нее и других легальных организаций своих представителей (в 3-й Думе в разное время заседали от 13 до 19 социал-демократов, среди них от 4 до 6 большевиков). «Ультиматисты» настаивали на том, чтобы сначала объявить ультиматум фракции эсдеков в Думе чтобы, как писала Крупская, «она с думской трибуны выступала так, чтобы ее вышибли из Думы», а при его невыполнении – отозвать ее из парламента. «Бойкотистов», а потом и «ультиматистов» возглавлял Богданов. Он оказался «левее» Ильича.
Богданов считал, что в «Пролетарии» «бойкотистская точка зрения не находила… никакого выражения». Дело дошло до того, что в знак протеста он вышел из редколлегии, но в «расширенном» составе редакции остался.
И именно в разгар этих споров между ними началась «война» и на философском фронте.
Философские поиски Богданова вызвали неудовольствие Ленина, что неудивительно, ведь он покусился на основу философии материализма и диалектического материализма как части марксизма – на понятие материи. Для «чистого» марксиста-материалиста является аксиомой существование материи независимо от человеческого или какого-либо еще сознания.
Богданов же считал, что философия, разделяющая «материю» и «дух», устарела. По его мнению, окружающий нас мир существует лишь в коллективном (общественном) сознании человечества, «коллективном опыте», который выступает в качестве «творца природы». Он доказывал, что если человечество, изменяя мир, способно к теоретическому исследованию и практическому воспроизводству любого вида материи, то нет никакой необходимости в концепции материи, которая стоит над научным познанием.
К этим выводам Богданова подтолкнула научная революция начала ХХ века, когда вдруг выяснилось, что атомы не являются «конечными» элементами, а состоят из элементарных частиц, когда были открыты радиоактивность, движение материков, новые звезды и галактики и т. д.
В определенной степени он опирался на работы австрийского