Съезд утвердил и новый центральный орган партии – газету «Пролетарий».
В это время Богданов, безусловно, мог считаться «человеком номер 2» в партии большевиков. Известный советский и партийный историк Михаил Покровский писал о нем: «А. А. Богданов – это был великий визирь этой большевистской державы».
В октябре 1905 года, после царского Манифеста о даровании подданным прав и свобод, в Петербурге начала издаваться и первая в истории большевистская легальная газета «Новая жизнь». Ее издателем считалась гражданская жена Горького Мария Андреева, главным редактором – поэт Николай Минский. Газета была довольно странной. В отделе литературы преобладали поэты-символисты, а в других отделах – большевики. Участвовали в ее работе Константин Бальмонт, Тэффи.
«Новая жизнь» издавалась в основном на средства Горького и частично на деньги, полученные еще от «миллионщика» Саввы Морозова. Очевидно, что решение дать средства на газету он тоже принял не без участия Богданова.
Восьмого ноября Ленин нелегально возвратился в Петербург. Он активно сотрудничал в «Новой жизни», выступал перед фракцией большевиков в Петербургском Совете рабочих депутатов. Богданов в это время тесно контактировал с Лениным и не только как редактор «Новой жизни». Вместе с Красиным он руководил Боевой технической группой большевиков, которая осуществляла подготовку к вооруженному восстанию. Он был представителем ЦК партии в Совете рабочих депутатов. Однако их совместная с Лениным работа в России тогда продлилась недолго – Богданов оказался в тюрьме. Это произошло 3 декабря 1905 года. «Взяли» не только его одного, а сразу 267 депутатов Совета – прямо на заседании. Причиной ареста стал «Финансовый манифест», опубликованный от имени Совета, партий социал-демократов, эсеров, польских социалистов и крестьянского союза. В нем граждан призывали отказаться от уплаты государству «взносов выкупных и всех других казенных платежей», а при всех сделках требовать «уплаты золотом, при суммах меньше пяти рублей – полновесной звонкой монетой» и «брать вклады из ссудо-сберегательных касс и из Государственного банка, требуя уплаты всей суммы золотом».
Эти призывы к фактическому «финансовому бойкоту» правительство игнорировать уже не могло. Было принято решение взять всех депутатов «скопом».
Богданов больше четырех месяцев просидел в известной питерской тюрьме «Кресты».
В тюрьме Богданов написал новую версию «Краткого курса экономической науки» и третью часть «Эмпириомонизма». «Обе рукописи были нелегально переданы мною жене благодаря попустительству жандармского офицера на свиданиях. Обе книги вышли в свет к концу 1906 года», – вспоминал он.
Когда Богданов еще был в тюрьме, 10–23 апреля 1906 года в Стокгольме состоялся IV съезд РСДРП, на котором большевики формально