Некоторое время спустя, особенно во время Первой мировой войны, Богданов начал постепенно отходить от эмпириомонизма и эмпириокритицизма как такового. Это происходило, не потому что он разочаровался именно в этом направлении. Скорее, это было разочарование в философии вообще. Богданов начал понимать, что философия, во всяком случае, в том виде, в каком она существовала тогда, сильно оторвана от жизни, применение философии в науке или общественной деятельности практически невозможно, а значит, нужно идти в таком направлении и искать то, что можно было бы применять на практике и создать теорию, на основе которой были бы возможны описания различных физических и социальных процессов.
Эта идея Богданова являлась новаторской. В ту эпоху науки были практически полностью разведены по своим предметным областям: физики не занимались химией, химики не занимались физикой, социологи не знали лингвистики. Мультидисциплинарные исследования как таковые в то время фактически отсутствовали, хотя сегодня это практически мейнстрим научного знания или, по крайней мере, не является чем-то из ряда вон выходящим. Но потребность в подобных междисциплинарных методах уже была. Необходим был некий аппарат, по крайней мере, методологический, который позволял бы исследовать весь комплекс существующего научного знания целиком, без его разложения на части. И первый шаг к этому сделал именно Богданов.
В 1910-е годы Богданов пишет первый, затем второй и третий том своей так называемой «Всеобщей организационной науки». Он пытался выяснить, что есть общего в различных науках и почему для исследователя изучение объекта в целом может быть гораздо более ценным, чем попытка его расчленить и редуцировать. Именно Богданов первым сформулировал понятие системы как некой общности, которая в целом является чем-то большим, чем простая сумма своих частей.
Это был интересный и новаторский подход. С помощью богдановской тектологии можно было попытаться, используя организационный подход, описать практически любую науку, начиная с физики, даже с математики, и заканчивая общественными науками. С общественными науками, конечно, сложнее: если физику мы можем свести к формулам и проверить выполнение тех или иных равенств или неравенств эмпирически и сделать на основе этого выводы, то в общественных науках