Унія була закріплена папськими буллами від 7 і 23 лютого 1596 р. Того ж року в Україні та Білорусі почалася підготовка до церковного собору, позначена нечуваним загостренням полеміки між прихильниками і ворогами унії. До табору останіх несподівано перейшов Гедеон Балабан, а головне – князь В.-К. Острозький, ображений самоуправством єпископів, які взялися за справу унії без його керівної ролі. Керований принципом «раз без нас, то такої унії нам не треба», Острозький під впливом своїх грецьких радників Никифора Кантакузіна та Кирила Лукаріса став збирати супротивників унії, Потій і Терлецький мобілізували своїх (Рогоза попри статус митрополита надто великої активності не виявив). Проти унії виступила значна частина нижчого і середнього духівництва, розкол відбувся і серед ченців усіх головних монастирів, більшість міщанства і козаків також не підтримали унію. Нарешті в атмосфері взаємних звинувачень, шпигуноманії і бійок 16 жовтня в Бресті почався довгоочікуваний собор, який одразу набув форми двох соборів: формально легітимного в кафедральному соборі міста (тут була присутня майже вся православна ієрархія, крім двох єпископів, представники державної влади, католицькі ієрархи та ін.) і «альтернативного» (у будинку князя Острозького), де головував палкий ворог унії Никифор, який обіцяв православним підтримку і благословення східних патріархів, якщо вони не підуть на поступки ворогові, і князь Острозький. 19 жовтня «уніатський» собор остаточно прийняв рішення про унію з Римом, отримавши анафему від своїх православних колег, котрі підтвердили канонічність зв’язку Києва з Константинополем. Обидві сторони конфлікту звернулися до короля, проте Сигізмунд III беззастережно став на бік унії, затвердивши своїм універсалом її обов’язковість для всіх православних підданих Речі Посполитої.
Замість братерського єднання двох гілок християнства в ході локальної унії Україна і Білорусь отримали третю гілку – уніатську (греко-католицьку) церкву, а також колосальну кількість конфліктів, взаємних образ, майнових та ідейних суперечок, загострених особистих рахунків тощо. Православна церква по суті оголошувалася в Речі Посполитій поза законом, що сприяло її зближенню з іще одним впливовим «пасинком» держави – козацтвом, а також з орієнтацією частини духівництва на Московську державу. Греко-католики ж не були зрівняні в правах з католицькими ієрархами, і історія цієї церкви була сповнена протистояння як з православними, так і з польськими римо-католиками, в останньому випадку