Принципиально вопрос о полномочиях епископа поставил лишь Н. С. Суворов при обсуждении темы об отлучении от Церкви:
Важно было бы вообще выяснить право центральной власти отлучать помимо местного архиерея. Отлучение должно исходить от местного архиерея и по его инициативе, с ведома центральной власти, а не наоборот <…> как это было определено в Духовном Регламенте[391].
В остальном же рассуждения о распределении прерогатив между архиереем и Синодом носили практический характер. Обсуждали, насколько тот или иной вопрос будет эффективнее решаться той или другой инстанцией. В общее собрание Предсоборного присутствия эта тема не выносилась.
Вопрос об отношении секретаря консистории к епархиальному архиерею обсуждался и во II отделе Присутствия[392] и в самом Присутствии[393]. Открывая прения в отделе по этому вопросу, И. С. Бердников подчеркнул, что его «едва ли можно рассматривать без связи с вопросом об обер-прокуроре Святейшего Синода», поскольку, как заметил профессор юридического факультета Новороссийского университета А. И. Алмазов[394], «секретарь в консистории в известной мере исполняет те же функции, что обер-прокурор в Синоде»[395]. Независимость секретаря от архиерея, продолжил эту мысль профессор Харьковского университета по кафедре церковного права М. А. Остроумов[396], фактически приводит к независимости канцелярии, в которой делается все «существенное». Само совмещение должностей начальника канцелярии и блюстителя закона противоречиво, заметил он, поскольку предполагает надзор за самим собой[397]. О том, что секретарь также наблюдает за архиереями, «например, за отъездами преосвященных из пределов епархий, а также для обозрения епархий и т. п., о чем и доносится обер-прокурору»[398], напомнил членам отдела его председатель преосвященный Никандр (Молчанов). Эта тематика была затем развита другими ораторами, которые показали, что, поскольку секретарь зависит от обер-прокурора, а последний является представителем государственной власти, то секретарь – «представитель государственного надзора в делах епархиального управления»[399]. Такое положение не должно иметь место: если государству нужен надзор, то пусть оно создает такую должность, от несения которой должен быть освобожден секретарь. Чрезмерное влияние секретаря также связано с его исключительной компетентностью в вопросах законодательства и делопроизводства, которой не имеют члены консистории. Было указано, что необходимо поставить секретаря в правильные отношения