В 1941 году, в начале Великой Отечественной войны, А. Л. Чижевский вместе с семьёй попал в Челябинск, где 22 января 1942 года был арестован и осуждён Он отбывал 8 лет заключения в Ивдельлаге, затем в Подмосковье (Кучино, Центральная радиолаборатория НКВД), в Казахстане (Карлаг, Луглаг, Степлаг). И в лагере А. Л. Чижевский продолжал заниматься наукой, поэзией и живописью. За эти годы им было написано более 100 стихотворений. Основной поэтический пласт был создан учёным в 1940-е годы на Урале, в заключении.
После его смерти вышли ещё 4 поэтических сборника. Однако большинство стихотворений ещё не опубликованы. А. Л. Чижевский создал около 2000 живописных произведений (в основном пейзажи). Большинство из сохранившихся работ (около 300) – акварели периода лагерей и ссылки. Все выставки художественных произведений учёного, в том числе и персональные, были посмертными и проходили в Москве и Подмосковье, Караганде, Калуге.
В Карлаге Александру Леонидовичу разрешили создать кабинет аэроионификации, заниматься электрическими проблемами крови. Его исследования и наблюдения за шахтёрами своего барака в результате использования люстры Чижевского были отмечены отсутствием обострения заболеваний у наблюдаемых. После освобождения в январе 1950 года он был отправлен на поселение в Караганду (Казахская ССР). При поддержке проф. П. М. Поспелова, ректора Кар гос медицинского института, Александр Леонидович работал консультантом по вопросам аэроионотерапии. А также зав. лабораторией структурного анализа крови и динамической гематологии областной клинической больницы, лаборатории областной станции переливания крови. До 1955 года руководил клинической лабораторией Карагандинского областного онкологического диспансера, был научным консультантом в Карагандинском научно-исследовательском угольном институте.
Вернувшись в Москву, А. Л. Чижевский с 1958 по 1961 годы работал в «Союзсантехнике» консультантом по вопросам аэроионотерапии и научным руководителем лаборатории. А также в научно-исследовательской лаборатории по ионизации и кондиционированию воздуха – замначальником в области аэроионизации. В 1962 года А. Л. Чижевский был полностью реабилитирован.
В этот период Чижевский опубликовал труды по аэроионификации