Во второй половине XVII в. с усилением царской власти и началом приобретения ею абсолютистских черт появилось такое понятие, как «именной указ», то есть законодательный акт, составленный только царем без участия Боярской думы. Особенно заметной политика оформления законодательных актов через «именные указы» стала в правление царя Алексея Михайловича, при котором из 618 указов, данных со времени издания «Соборного уложения», 588 были именными[8].
Цари Алексей Михайлович и Федор Алексеевич, рассматривая Думу как учреждение подконтрольное монаршей власти, вовсе не собирались ее упразднять. Вопрос стоял о ее реформировании. Необходимость реформ определялась значимостью для государства и разнообразием функционала Думы. Боярская дума участвовала не только в законодательной деятельности, но и в решении важнейших государственных вопросов внутренней и внешней политики, таких, как объявление войны, заключение мира, сбор чрезвычайных налогов. Дума выступала также и в роли распорядительного и контрольного учреждения. Боярская дума являлась высшей после царя судебной и апелляционной инстанцией. В качестве апелляционной инстанции суд царя и Думы выступал по отношению к приказам[9].
Структура Думы предполагала, что председательствующим на ее заседаниях выступал монарх. Если по каким-либо причинам он не мог выполнить эту функцию, он давал поручение председательствовать одному из знатных бояр. Нередко заседания Думы открывались царским выступлением. В нем объяснялась суть проблемы, выносимой в Думу; звучало царское видение решения вопроса; содержалось приглашение к членам Думы «помысля, к тому делу дать способ»[10]. Одним из свидетельств активизации работы царя Алексея Михайловича с Думой служит практика составления государем конспектов речей «О чем говорить боярам»[11].
Качественной работе Думы во второй половине XVII в. мешали ее многочисленность, невозможность участия всех членов этого учреждения в его работе, зачаточный характер специализации государственных служащих (особенно высшего звена). Работу в Думе приходилось совмещать с выполнением обязанностей военных и гражданских воевод, послов, начальников (судей) приказов.
Роль начальников приказов в Думе все более усиливалась. Процесс усиления роли думных чинов в приказном управлении оценивался по-разному. В нем видели, в одном случае, ущемление роли Думы как государственного органа[12], ослабление Боярской думы за счет ее бюрократизации и превращение из органа боярской аристократии в орган приказной бюрократии[13]; в другом – формирование круга лиц (руководителей