Миссия Шелеста была весьма ответственной. Решение Комиссии было окончательным, утверждению и пересмотру другими инстанциями не подлежало. После реабилитации Комиссией заключенный подлежал немедленному освобождению, а председатель Комиссии нес персональную ответственность за принятое решение. Интересно то, что Комиссия по форме напоминала печальной памяти «тройку», то есть в ее состав входили три человека (кроме Шелеста это были заместитель председателя Киевского областного исполнительного комитета и полковник Министерства внутренних дел УССР, ведавший местами заключения). Председатель имел два голоса при принятии решения и никому не был подотчетен, кроме Президиума Верховного Совета СССР. Перед ним раз в неделю Шелест должен был отчитываться о количестве рассмотренных дел, о том, сколько людей освобождено по разным категориям судимости (политическим, должностным, уголовным преступлениям), скольким сокращен срок судимости и на сколько лет, скольким отказано в освобождении или сокращении срока в заключении и по каким мотивам. Такая же форма отчетности применялась и к несовершеннолетним, находившимся в заключении или колониях. Все дела нужно было рассматривать в местах заключения с обязательным ознакомлением дела на заключенного и личной беседой с каждым в отдельности.
10 апреля 1956 года Шелест провел первое организационное заседание Комиссии, были заслушаны сообщения представителей МВД, суда и прокуратуры Киевской и Винницкой областей. В этих областях в заключении находилось около 200 тысяч человек. Комиссии надлежало завершить работу до 1 октября 1956 года. В этот срок, конечно, не уложились, поэтому Президум Верховного Совета СССР продлил полномочия Комиссии еще на три месяца. За восемь месяцев работы рассмотрели 150 350 дел, 8 500 человек освободили немедленно, остальным сократили сроки заключения. «Приходилось, – вспоминал Петр Шелест, – работать в сутки по 15–16 часов – это была очень утомительная и изнурительная работа… Мне пришлось побывать во всех местах заключения, в тюрьмах, общих камерах и одиночках, в лагерях особого режима и в детских трудовых колониях… Лично для меня время работы Комиссии оказалось большой школой жизни, моральной закалки и анализа происходящего в человеческом обществе. Некоторые факты рассмотрения дел по своему вопиющему нарушению элементарной законности и прав граждан запомнились мне на всю жизнь».
В период работы в Киевском обкоме у Шелеста произошла, похоже, первая стычка с Владимиром Щербицким, работавшим секретарем ЦК Компартии Украины и опекавшим тяжелую промышленность. Дело в том, что еще