Приехав в Москву, в ЦК ВКП(б), Шелест долго ждал назначения, обращался с просьбой дать любую работу. В конце концов, в апреле 1942 года, его назначили инструктором ЦК ВКП(б) в отделе оборонной промышленности, определив в сектор по обеспечению разработки, производства и снаряжения реактивных снарядов (РС) – знаменитых «катюш» и «ванюш». Во время пребывания на этой должности Шелест встречался на разных совещаниях с Иосифом Сталиным, Георгием Маленковым и другими руководителями.
Он еще был инструктором ЦК ВКП(б), когда получил удостоверение о направлении на Украину, откуда уже частично изгнали немцев. Так Шелест снова оказался в Харькове, разрушенном и пылающем. Теперь он занимался вопросами организации работы промышленных предприятий города, восстановлением электростанций, водопровода, канализации и городского транспорта. Но все это продлилось недолго, так как из-за неудач на фронте из Харькова снова пришлось уехать. При этом в обкоме партии Петру Ефимовичу поручили вывезти из Харькова в Купянск большую группу ученых с семьями, которые оставались при немцах в городе. Он организовал переезд 60 человек на двух оборудованных машинах в сопровождении автоматчиков.
Сам Шелест поехал с поручением первого секретаря Харьковского обкома Епишева в Москву, оттуда съездил в Челябинск к семье и снова вернулся в столицу. Он снова ждал решения своей судьбы, то есть нового назначения. Оно состоялось лишь в августе 1943 года. Шелест стал парторгом ЦК ВКП(б) – была и такая должность! – на заводе № 306 Наркомата авиационной промышленности в Саратове.
Петр Ефимович и не предполагал, что здесь ему доведется задержаться почти на шесть лет. Кроме основной работы он выполнял поручения районного, городского и областного комитетов ВКП(б), участвовал в разного рода комиссиях, председательствовал в некоторых из них. В ту пору часть правительства Украины и ЦК КП(б)У находилась как раз в Саратове. По работе Шелест мало сталкивался с ними, но стремился такие контакты найти, планируя вернуться в Харьков. Однако тогда его планы не реализовались.
В мае 1945 года Петр Ефимович становится заместителем секретаря Саратовского обкома партии по авиационной промышленности, а в 1946-м – парторгом ЦК ВКП(б) на Саратовском заводе № 292 Министерства авиационной промышленности (МАП) СССР. Завод, на котором работало 25 тысяч человек, назывался «заводом комбайнов», но на самом деле выпускал самолеты конструкции Александра Яковлева: Як-3, Як-6, а позже – Як-9.
Шелест не мог не заниматься и домашними делами, ведь ему надо было прокормить, одеть и обуть семью. Все это делалось по так называемым промышленным талонам, которые далеко не всегда удавалось отоварить. Хорошо, что хоть с квартирой все уладилось: семья Шелеста из шести человек занимала отдельную трехкомнатную квартиру. А вот с обувью и одеждой