Центральным героем трагедии является Борис, опытный и мудрый политический деятель, искушенный в дворцовых интригах и вместе с тем стремящийся к созиданию во благо государства. В нем сочетаются, с одной стороны, решительность, ум, умение пользоваться неограниченной властью и, с другой – слабость, прикрываемая царским саном, и даже беспомощность. Его моральные качества, внутренний мир рассматриваются Пушкиным сквозь призму совести.
Годунов, организуя убийство царевича, совершает преступление против законного порядка престолонаследования, и оно порождает дальнейшую смуту. Приход к власти Самозванца, которого никто всерьез не воспринимает сыном Ивана Грозного, также неправомерен, как в свое время приход Бориса: престол освобожден путем убийства истинного наследника, осталось только обставить узурпацию власти псевдозаконными ритуалами. Борис, понимая преступность совершенного им, наивно надеется, что в следующем поколении восстановится уже законное право на престол. Именно поэтому, обращаясь к сыну, он говорит:
Я подданным рожден, и умереть
Мне подданным во мраке б надлежало;
Но я достиг верховной власти… чем?
Не спрашивай. Довольно: ты невинен,
Ты царствовать теперь по праву станешь,
Я, я за все один отвечу Богу…
Борис способен анализировать свою деятельность. Его монологи, обращенные к самому себе или сыну, демонстрируют понимание истинных задач, стоящих перед монархом, а также допущенных проступков, которые стали темным пятном и не позволяют пользоваться народным доверием. Именно Борис поднимает в своих рассуждениях тему совести. Нравственные мучения не дают почувствовать счастья от обладания властью, возникают предчувствия приближающихся трагических событий. Народ отказывается верить в искренние намерения государя наладить жизнь.
Царь Борис обрисован разносторонне. Помимо уже названных его достоинств и слабостей в трагедии подчеркивается, что он – заботливый отец, тяжело переживающий несчастье дочери, потерявшей жениха, страстно желающий передать сыну управление царством, подготовить его к этой трудной миссии.
В трагедии явственно звучат интонации пушкинских философских стихотворений.
Перед смертью Борис использует последние минуты, чтобы дать важные советы сыну, надеясь на его дальнейшее царствование, и не торопится