После смерти в 1882 г. первого генерал-губернатора К.П. фон Кауфмана и назначения нового – М.Г. Черняева в Туркестане начинаются перемены и ротация кадров. В 1884 г., спустя 6 лет после своего увольнения, 32-летний Наливкин возвращается на службу в должности младшего чиновника особых поручений при военном губернаторе Ферганской области Н.А. Иванове. В это время Наливкин становится известным человеком, в частности в роли знатока местных языков, нравов и истории. В том же году Наливкина командируют в Ташкент в комиссию «по устройству быта туземцев». Его замечает новый генерал-губернатор Н.О. фон Розенбах. Наливкин читает для высших чиновников Ташкента несколько лекций о туземцах, а в конце 1884 г. по распоряжению Розенбаха переходит в систему Министерства народного просвещения, где работает на разных должностях вплоть до 1899 г.
В 1880-е гг. начинают выходить в свет многочисленные научные работы Наливкина по истории, этнографии, экономике, языкознанию туземного населения Туркестана. Первые статьи появляются в главной официальной газете края «Туркестанские ведомости»[17]. В 1884 г. издается написанный совместно с женой «Русско-сартовский и сартовско-русский словарь общеупотребительных слов, с приложением краткой грамматики по наречиям Наманганского уезда»[18], а четыре года спустя – две большие и самые известные работы «Краткая история Кокандского ханства» и «Очерк быта женщины оседлого туземного населения Ферганы»[19]. В 1889 г. «Краткая история» переиздается на французском языке. Будучи ученым-любителем, Наливкин быстро завоевывает репутацию человека, который обладает уникальными знаниями о Средней Азии. Он переписывается с известными востоковедами, на его книги пишутся рецензии в академических журналах. В 1886 г. «Очерк быта» удостаивается, по ходатайству известного востоковеда Н.и. Веселовского, Большой золотой медали Русского географического общества. В 1880-х гг. публикуются несколько небольших работ Наливкина по археологии края, а в 1888 г. он избирается членом-сотрудником Императорского Русского археологического общества.
На рубеже столетий административная карьера Наливкина очень быстро набирает обороты. В 1899 г. – при генерал-губернаторе С.М. Духовском – 47-летний Наливкин возвращается в очередной раз на военную