В 1927 г. в Харбине была издана другая книга архиерея – «По поводу церковных нестроений»{38}, посвященная проблемам церковного управления за границей, возникшим из-за конфликта между Зарубежным Синодом, во главе с митрополитом Антонием (Храповицким), и митрополитом Евлогием (Георгиевским), предъявившим свои права на управление заграничными приходами. Опираясь на постановление Всероссийской Церковной Власти № 362 от 7 (20) ноября 1920 г., архиепископ Мефодий выступил в защиту митрополита Антония и возглавляемого им Карловацкого Синода. Немалый интерес для анализа проблем церковного управления за границей представляют изложенные в работе доводы архиерея в пользу временной автокефалии Русской Православной Церкви Заграницей и разбор основных вопросов, связанных с положением Харбинской епархии (основание епархии, конфликты архиерея с Епархиальным советом и т. д).
В 1929 г. вышла в свет брошюра архиепископа Мефодия под названием «Каноническое существование Харбинской епархии»{39}, в которой автор на основании ряда документов обосновал каноничность положения Харбинской епархии как самостоятельной (до 1922 г. относившиеся к ней приходы полосы отчуждения КВЖД входили в состав Владивостокской епархии).
В этот же период была написана, но полностью так и не издана книга Е. Х. Нилуса «Исторический обзор Китайской Восточной железной дороги (1896–1923 гг.)», второй том которой содержит отдельную главу, рассказывающую об основных событиях церковной жизни Маньчжурии с указанием точных дат основания храмов, имен священнослужителей и т. д. Военный юрист, полковник Е. Х. Нилус преподавал законоведение в Коммерческих училищах КВЖД, с 1921 г. служил в правлении Общества КВЖД. По поручению правления и под редакцией специальной комиссии им был составлен этот фундаментальный труд. Первый том «Исторического обзора» вышел в Харбине в 1923 г., последующие тома остались неопубликованными. Машинописный экземпляр всех томов книги впоследствии попал на хранение в архив Гуверовского института революции войны и мира в г. Стэнфорде (США) и находится в личном фонде Е. Х. Нилуса (HIA. Box 1). Текст главы XII неизданного второго тома – «Деятельность Церковного отдела Управления КВЖД (обзор церковной