С периода правления Александра I Черкизово снова стало казенным. Село постепенно разрасталось и все больше превращалось в промышленный пригород Москвы. В нем преобладали небольшие текстильные и красильные предприятия. Состав населения был весьма разнообразен по национальности и вероисповеданию.
В конце XVIII века Черкизово вновь облюбовали митрополиты Русской православной церкви. Митрополит Платон Левшин для своего подворья выбрал тихое зеленое место к северу от церкви Ильи Пророка. Вскоре там появилась богадельня для одиноких престарелых женщин. В Черкизове знаменитый русский богослов митрополит Макарий создал большую часть «Истории русской церкви». Все деньги от продажи своих сочинений, огромную по тем временам сумму в сто двадцать тысяч рублей, Макарий пожертвовал Академии наук на лучшие ученые сочинения.
Подворье Митрополитов многократно перестраивалось. Последнее крупное изменение датируется 1886 годом, когда проект В. Н. Корнеева благословил митрополит Московский Иннокентий. Тогда в усадьбе Черкизово был построен прекрасный деревянный дом-дворец.
В 1897 году в Черкизове насчитывалось девять тысяч жителей. В начале XX века в связи со строительством Окружной железной дороги и проведением по ней новой черты города, Черкизово с полусотней улиц и переулков оказалось в Москве, правда, вплоть до конца 1940-х годов оно больше напоминало деревню, чем город. Позднее совхозные поля и сады постепенно были вытеснены городскими строениями.
В начале Великой Отечественной войны жители Черкизова, в основном прихожане церкви Ильи Пророка, собрали один миллион рублей на сооружение самолетов, а деньги отправили И. В. Сталину, получив в ответ благодарственную телеграмму.
И в наши дни в Черкизове многое еще хранит память об отшумевших временах и событиях. Старина сохранилась на Штатной горке, остался Архиерейский пруд, скрытый от шумной Большой Черкизовской улицы земляным валом. Пруд в Черкизово является едва ли не самым старым в Москве. Река Сосенка, по уверениям историков, была запружена еще в XIV веке. В настоящее время основная часть русла Сосенки заключена в трубу. Черкизовский пруд, на берегу которого по-прежнему возвышается Ильинская церковь, является одним из немногих мест, где речка выходит на поверхность. Сейчас власти города проводят там большую реконструкцию. Планируется полностью заменить бетонные берега естественными, построить очистные сооружения, вокруг пруда восстановить парк с ценными породами деревьев, а над прудом построить мост, который соединит жилой квартал и парк. Также реставрации должна быть подвергнута и старинная ограда церкви Ильи Пророка.
Архиерейский дом в 1990-е годы неоднократно горел. Один из последних пожаров в 1998 году оставил от усадьбы одни руины. В 2007