При Павле I кладбище подверглось неожиданной опасности – было приказано его уничтожить, однако исполнение откладывалось. Согласно легенде, в качестве взятки был преподнесен большой пирог, начиненный червонцами. После смерти Павла I дело об уничтожении было преданно забвению. А в царствование Александра I был объявлен манифест, в котором была дана свобода всем вероучениям. Община процветала. Во время пожара 1812 года Преображенское не пострадало, поэтому много зданий общины дошло до наших дней.
Преображенская же церковь до XIX века была очень бедной и находилась в жалком состоянии. Причиной этого были малочисленность прихожан, их бедность и преобладание старообрядцев. В XIX веке старообрядцев стало меньше, некоторые переселились в другие места, в это время в Преображенское начали переселяться православные и основывать фабрики, преимущественно мануфактурные. Церковные доходы увеличились, и церковь была отреставрирована.
В советское время церковь Преображения была кафедрой известного церковного деятеля и оратора митрополита Крутицкого и Коломенского Николая Ярушевича. В иконостасе церкви находилось несколько чтимых икон Божьей Матери: «Целительницы», «Отрады и утешения», «Знамения», большая икона Преображения Господня, пожертвованная лейб-гвардии Преображенским полком в день полкового праздника 6 августа 1856 года. В 1866 году митрополит Филарет основал православный Никольский мужской монастырь, частично сохранившийся до нашего времени.
Древние истоки Преображенского и характер жизни и деятельности населения в последующем создали основу для современной инфраструктуры района, предопределили основные направления его развития на будущее. Планировка Преображенского редкая для Москвы. Прямолинейные, параллельные друг другу улицы с домами, выходящими фасадами на проезжую часть, отдаленно напоминают строгостью военный лагерь. Позже такую планировку применили и при строительстве Санкт-Петербурга – удобно и красиво.
Церковь Преображения, которая дала имя московской слободе и целому московскому району, решили сломать под предлогом того, что она мешала строительству станции метро. Ничто не могло помешать варварскому деянию: ни просьбы и верноподданные прошения, ни даже отчаянные