Причиной недовольства короля было не его стремление присвоить себе духовную власть церкви, а то, что отлученный человек, отрезанный от всех других христиан, не мог участвовать в королевском совете и служить в его армии. Поэтому король требовал, чтобы перед таким ответственным шагом священник доложил об этом монарху, чтобы тот попытался усовестить обидчика или, если отлучение было неизбежно, был поставлен в известность, что его землевладельцу вынесен приговор, запрещающий всем христианам иметь с ним дело.
Дело дошло до того, что король перестал разговаривать с Бекетом и общался с ним только через посланцев. Томас, желая успокоить короля, снял с Вильяма Айнфордского отлучение. Но король не смягчился. «Я не испытываю к нему никакой благодарности за это», – произнес он, когда ему сообщили, что Бекет отменил приговор.
Но к самым тяжелым последствиям привело дело о «преступных служителях церкви» или о людях, которые нарушили закон и подлежали церковному суду. В число этих «служителей» входили не только священники и те, кто в качестве первого шага к священству получил тонзуру, но и люди, давшие религиозные обеты. Церковь утверждала, что судить таких людей может только церковный, а не гражданский суд. Даже совершив уголовные преступления, они все равно подлежали церковному суду. Эти суды никого не приговаривали к смерти, и вердикты, которые они выносили, были мягкими по сравнению с приговорами гражданских судов. В самом худшем случае на преступника налагали суровую епитимью, запрещали ему служить в церкви, понижали в чине или на всю оставшуюся жизнь заключали в монастырь.
После возвращения короля в Англию в январе 1163 года его внимание привлек ряд преступлений, совершенных лицами духовного звания, которые, по мнению Генриха II, остались практически безнаказанными. Клирика из Вустершира обвиняли в совращении девицы и убийстве ее отца. Архиепископ Томас передал его на суд епископу Вустерскому, чтобы он не попал в руки королевского правосудия. Другой священник украл из церкви в Лондоне серебряную чашу для причастия. И снова, когда король потребовал, чтобы это дело рассматривали королевские судьи, архиепископ заявил, что судить его имеет право только церковный суд. Одного священника в Солсберийской епархии обвинили в убийстве, и, когда тот не смог доказать свою невиновность в епископском суде, Томас велел лишить его прихода и отослать в монастырь, где он всю оставшуюся жизнь должен был замаливать свой грех.
Наконец, Филипп из Бруа, каноник Бедфордский, был обвинен в убийстве рыцаря. Его судили в присутствии епископа Линкольнского, где Филипп доказал свою невиновность,