На какой бы фронт ни попадал Сталин, он широко применял репрессии. В этом отношении он не был оригинален и ничем не отличался от других членов Реввоенсовета. Троцкий тоже утверждал: «Нельзя строить армию без репрессий. Нельзя вести массы людей на смерть, не имея в арсенале командования смертной казни». И Сталин, и Троцкий, и другие, не колеблясь, расстреливали трусов, паникеров и изменников (или тех, кто казался им изменниками), а также заложников из представителей имущих классов населения. Но Лев Давыдович еще и сам поднимал в атаку под огнем врага дрогнувший полк под Петроградом, произносил зажигательные речи на митингах. Сталин же работал преимущественно в штабах, канцеляриях, давал поручения другим, а сам не был мастером в общении с людьми.
Его соперничество с Троцким объяснялось старым как мир стремлением военачальников всех времен и народов стать единоличным отцом победы, а вину за поражение свалить на других. В ряде случаев при решении оперативных вопросов Сталин, минуя Троцкого, апеллировал непосредственно к Ленину. Будучи, как и Троцкий, с марта 1919 года членом Политбюро, он считал, что не обязан подчиняться главе военного ведомства. Разумеется, подобное своеволие одного из членов Реввоенсовета не могло радовать Льва Давыдовича. Однако такого рода конфликты случались у него по военным вопросам и с другими руководителями, и нельзя сказать, что у Сталина и Троцкого в то время был настоящий антагонизм, хотя впоследствии оба соперника именно так старались представить свои взаимоотношения в период гражданской войны.
Сталин был членом Реввоенсовета Южного фронта в период разгрома Деникина осенью и зимой 1919 года. Впоследствии именно ему приписывали авторство плана наступления через Донбасс с целью рассечь Вооруженные силы Юга России и получить поддержку местного пролетариата. Троцкого же выставляли главным противником этого плана и сторонником наступления через Донскую область, где Красной Армии пришлось бы иметь дело с настроенным к ней враждебно казачьим населением. На самом же деле в этом вопросе разногласий между Сталиным и Троцким не было, ибо и Иосиф Виссарионович, и Лев Давыдович были сторонниками нанесения главного удара через Донбасс. Военный историк Н.Е. Какурин еще в 1925 году писал: «Главное командование намеревалось взять организацию контрудара в свои руки, подготовив его из глубины вне непосредственного воздействия противника. Первое зарождение этой идеи мы можем усмотреть