На фронтах гражданской Сталин преданность Советской власти ценил выше военного профессионализма. Так, в декабре 1917 года он указывал командованию Оренбургского фронта, сражавшегося с казаками атамана Дутова: «Негодные элементы распускайте, годные сплачивайте в революционные отряды. Пусть будет меньше людей, но зато будут верные. Это путь верный, и можно идти по нему смело». Между прочим, этот принцип Сталин исповедовал и в политике – пусть рядом будет меньше соратников, но зато верные. Отсюда и широкомасштабные кровавые чистки – пусть людей будет меньше, но зато выйдут в расход все подозрительные.
В период жаркой дискуссии в руководстве, подписывать или не подписывать мир с немцами на тяжелых условиях, продиктованных Берлином, Сталин проявил колебания. Так, 23 февраля 1918 года, когда Ленин пригрозил подать в отставку, если большинство членов ЦК откажется подписать мир, Сталин заявил: «Мира можно не подписывать». На это Ленин горячо возразил: «Сталин неправ, когда он говорит, что можно не подписать. Эти условия надо подписать. Если вы их не подпишете, то вы подпишете смертный приговор Советской власти через три недели. Эти условия Советской власти не трогают. У меня нет ни малейшей тени колебания. Я ставлю ультиматум не для того, чтобы его снимать. Я не хочу революционной фразы». В итоге в вопросе о Брестском мире Сталин перешел на ленинскую позицию. В тот момент, да и позднее он не умел делать долгосрочные политические прогнозы и не ожидал, что «похабный мир» просуществует всего восемь месяцев. Сталин вообще всегда больше оставался мастером политической тактики, а не стратегии, и не был способен к нестандартным и неожиданным стратегическим решениям.
31 мая 1918 года Сталин был назначен руководителем продовольственного дела на юге России. Здесь центром влияния большевиков был Царицын, куда свозили изъятый по разверстке хлеб со всех южных губерний. Сталин стал одним из руководителей обороны Царицына от казачьей армии атамана П.Н. Краснова. При этом Иосиф Виссарионович нередко сносился по военным вопросам непосредственно с Лениным через голову председателя Реввоенсовета Троцкого. Тогда у них с Троцким возникли первые конфликты.
7 июля 1918 года Ленин известил находившегося в Царицыне Сталина об убийстве германского посла Мирбаха и о мятеже левых эсеров и потребовал: «Повсюду необходимо подавить беспощадно этих жалких и истеричных авантюристов, ставших орудием контрреволюционеров». Сталин ответил в тот же день: «Гоню и ругаю всех, кого нужно, надеюсь, скоро восстановим положение. Можете быть уверены, что не пощадим никого, ни себя, ни других, а хлеб все же дадим. Если бы наши военные «специалисты» (сапожники!) не спали и не бездельничали, линия не была бы прорвана, и если линия будет восстановлена, то не благодаря военным,