На решение вопроса с диссертацией (работа была посвящена причинам возникновения малярии) ушло шесть дней, но Линней задержался в Голландии гораздо дольше, на целых три года. В 1730-е годы в Голландии наблюдался экономический подъем. Голландия к этому времени обзавелась большим количеством заморских территорий и активно торговала чуть ли не со всем миром, корабли Голландской Ост-Индской компании бороздили моря и океаны. Эти корабли доставляли в Голландию живые экзотические растения и семена растений, о которых во всей Европе никто не слышал – и тем более не видел их.
В Швеции в это время наоборот был экономический спад. Двадцать лет шла Северная война, в результате которой страна лишилась былого могущества и потеряла многие территории. При таком количестве экономических проблем было не до развития науки, которая, наоборот, испытывала подъем в Голландии. И Карл Линней решил не торопиться с возвращением на родину.
Коллеги помогли ему устроиться на работу к бургомистру Амстердама Джорджу Клиффорду, у которого он стал служить одновременно и домашним врачом, и смотрителем ботанического сада. Клиффорд увлекался ботаникой и любительском уровне мог себе это позволить, будучи банкиром. А поскольку он являлся еще и одним из директоров Голландской Ост-Индской компании, то по его заказу из разных мест привозили экзотические растения. Сад был разбит в его имении около города Харлема, и этим садом в течение двух лет занимался Карл Линней. Также он классифицировал экзотические растения, привезенные со всего мира.
Его первой опубликованной в Голландии работой стала «Система природы» – основополагающий труд по биологической систематике. Иногда его называют «программной работой по систематике природы». И этим Карл Линней занимался до конца жизни. А «Система природы» только при жизни автора переиздавалась 12 раз. Также он написал «Основы ботаники», «Рода растений», «Классы растений», «Собрание родов», «Половой метод». Особо отмечу «Рода растений» (6 прижизненных изданий), поскольку в этой работе Линней свел воедино описания биологических родов, которые существовали в то время. Но это не все – он добавил новые характеристики на основе только что разработанной им половой системы. В «Родах растений» сравниваются известные на тот момент системы растений с системой, разработанной самим Линнеем, туда же включено описание системы Линнея в полном объеме. Это была первая публикация системы в полном объеме.
Также следует отметить работы, в какой-то мере связанные с работодателем Линнея в Голландии Джорджем Клиффордом. Во-первых, по заказу самого Клиффорда Линней описал его коллекции, собранные в поместье Гартекамп, и все, что росло у него в саду. Эта работа получила название «Сад Клиффорда».