Ночью его работа продолжалась – он спускался в подвалы, поднимался на чердаки к беднякам, лечил, бесплатно раздавал лекарства. Врач принимал гонорары от богачей, чтобы иметь возможность покупать лекарства для бедных. Он проработал в детской больнице 7 лет и не находил все это время покоя, потому что знал, что после выздоровления ребёнок, выписавшись из больницы, опять окажется там, где был. Януш Корчак старался улучшить и изменить жизнь детей.
На одном благотворительном вечере в пользу приюта, созданного Обществом помощи сиротам, Януш Корчак знакомится со Стефанией Вильчинской, которая, так же как и он, мечтала о создании приюта, который будет родным домом для бездомных детей. Она стала его верной помощницей в осуществлении задуманного. Благодаря их огромному желанию и большим усилиям, помощи благотворителей, в 1912 году открылся Дом сирот. Двумя годами раньше Януш Корчак отказался от успешной медицинской практики, литературной карьеры и стал директором Дома сирот. Приют Януша Корчака был справедливой общиной, сами дети выбирали парламент, суд равных, имелась своя газета. Труд был обязателен для всех, в процессе труда дети учились взаимопомощи, чувству ответственности. Самым главным в обучении Януш Корчак считал нравственное воспитание, этические аспекты. Всё было продумано до мелочей, чтобы детям было уютно и хорошо. В Доме сирот было центральное отопление, электричество, горячая и холодная вода, железные кроватки, разделённые деревянными перегородками с отверстиями в центре, если вдруг ребёнок проснётся ночью и испугается… Без отдыха, по 16 часов в сутки, работали Стефания Вильчинская и Януш Корчак. Слава о Доме сирот, где ребёнок являлся «хозяином, тружеником и главой семьи», вышла за пределы Варшавы.
В 1914 году началась Первая мировая война и Януш Корчак вынужден был покинуть Дом сирот, поскольку его призвали в качестве врача в армию, прикомандировав к полевому госпиталю на восточном фронте. В этот период он начал писать свою книгу «Как любить ребёнка». Её главная мысль – вы не любите ребёнка, если не видите в нем самостоятельную личность, которая имеет право стать таким, каким ему уготовлено судьбой.
Януш Корчак получил назначение на должность педиатра сразу в трёх детских приютах. Дети страдали от недоедания и ужасного обращения, и Януш Корчак часто оставался с ними на ночь, чтобы хоть как-то поддержать. Он обращался за помощью в управление приютов, обличал и встречал сопротивление со стороны коррумпированных директоров приютов. В самые тяжёлые минуты своей жизни он обращался к Богу.
В 1930-е годы Януш Корчак выступил по радио с собственной радиопрограммой под псевдонимом «Старый доктор», чтобы не вызвать возмущения чиновников, по мнению которых врач и педагог-еврей не может заниматься воспитанием детей поляков. У Януша Корчака появилась возможность выступать перед большой аудиторией