A ces griefs généraux s'ajouta peu à peu une suite d'incidents particuliers, qui portèrent enfin les inquiétudes des protestants jusqu'à la plus vive défiance. A l'époque des persécutions religieuses exercées par les Espagnols dans les Pays-Bas, quelques familles protestantes s'étaient réfugiées dans la ville impériale catholique d'Aix-la-Chapelle, où elles s'établirent à demeure et augmentèrent insensiblement le nombre de leurs adhérents. Ayant réussi, par adresse, à faire entrer quelques personnes de leur croyance dans le conseil de la ville, les religionnaires demandèrent une église et l'exercice public de leur culte, et comme ils essuyèrent un refus, ils se firent raison par la force et s'emparèrent même de toute l'administration municipale. C'était pour l'empereur et tout le parti catholique un coup trop sensible de voir une ville si considérable au pouvoir des protestants. Toutes les représentations de Rodolphe et ses ordres de rétablir les choses sur l'ancien pied étant demeurés sans effet le conseil aulique mit la ville au ban de l'Empire, par une sentence qui ne reçut toutefois son exécution que sous le règne suivant.
Les protestants firent, pour étendre leur domaine et leur puissance, deux autres tentatives plus considérables. L'électeur de Cologne, Gebhard, né Truchsess de Waldbourg, conçut pour la jeune comtesse Agnès de Mansfeld, chanoinesse de Gerresheim, une violente passion, à laquelle Agnès ne fut pas insensible. Comme les yeux de toute l'Allemagne étaient fixés sur cette liaison, les deux frères de la comtesse, zélés calvinistes, demandèrent satisfaction de cette atteinte à l'honneur de leur maison, qui ne pouvait être sauvé par un mariage, tant que l'électeur demeurerait évêque catholique. Ils le menacèrent de laver cette tache dans son sang et celui de leur sœur, s'il ne renonçait aussitôt à tout commerce avec la comtesse ou ne lui rendait l'honneur devant les autels. L'électeur, indifférent à toutes les conséquences de sa démarche, n'écouta que la voix de l'amour. Soit qu'il eût déjà, en général, du penchant pour la religion réformée, soit que les charmes de son amante opérassent seuls ce miracle, il abjura la foi catholique et conduisit la belle Agnès à l'autel.
L'affaire était de la plus haute importance. D'après la lettre de la réserve ecclésiastique, l'électeur avait perdu par cette apostasie tous ses droits à l'archevêché; et, si les catholiques étaient jamais intéressés à faire exécuter la réserve, c'était surtout lorsqu'il s'agissait d'un électorat. D'un autre côté, il était bien dur de renoncer au pouvoir suprême, et cela coûtait plus encore à la tendresse d'un époux qui aurait tant désiré de donner plus de prix à l'offre de son cœur et de sa main par l'hommage d'une principauté. La réserve ecclésiastique était d'ailleurs un point litigieux du traité d'Augsbourg, et toute l'Allemagne protestante jugeait d'une extrême importance d'enlever au parti catholique ce quatrième électorat. Déjà l'exemple d'actes pareils avait été donne, et avec un heureux succès, dans plusieurs bénéfices ecclésiastiques de la basse Allemagne. Plusieurs chanoines de Cologne étaient dès lors protestants et tenaient pour l'électeur; dans la ville même, il pouvait compter sur de nombreux adhérents de la même religion. Tous ces motifs, auxquels les encouragements de ses amis et de ses proches, et les promesses de plusieurs cours allemandes donnaient encore plus de force, décidèrent l'électeur à garder son archevêché, même après son changement de religion.
Mais on vit bientôt qu'il avait entrepris une lutte au-dessus de ses forces. En permettant le libre exercice du culte évangélique dans le pays de Cologne, il avait déjà provoqué la plus violente opposition de la part des chanoines et des membres des états. L'intervention de l'empereur et l'anathème de Rome, qui l'excommuniait comme apostat et le dépouillait de toutes ses dignités ecclésiastiques et séculières, armèrent contre lui ses États et son chapitre. Gebhard leva des troupes; les chanoines en firent autant. Pour s'assurer promptement un puissant soutien, ils se hâtèrent de nommer un nouvel électeur, et le choix tomba sur l'évêque de Liége, prince de Bavière.
Alors commença une guerre civile, qui pouvait aisément aboutir à une rupture générale de la paix dans l'Empire, vu le grand intérêt que devaient prendre à cet incident les deux partis qui divisaient l'Allemagne. Les protestants s'indignaient surtout que le pape eût osé, en vertu d'un prétendu pouvoir apostolique, dépouiller de ses dignités impériales un prince de l'Empire. Même dans l'âge d'or de leur domination spirituelle, les papes s'étaient vu contester ce droit: combien plus dans un siècle où, au sein d'un parti, leur autorité était entièrement tombée et ne reposait chez l'autre que sur de très-faibles appuis! Toutes les cours protestantes d'Allemagne intervinrent énergiquement à ce sujet auprès de l'empereur. Henri IV, qui n'était encore alors que roi de Navarre, ne négligea aucune voie de négociations pour recommander avec instance aux princes allemands de maintenir leurs droits. Le cas était décisif pour la liberté de l'Allemagne. Quatre voix protestantes contre trois voix catholiques, dans le collége des électeurs, faisaient nécessairement pencher la balance en faveur des protestants et fermaient pour toujours à la maison d'Autriche l'accès du trône impérial.
Mais l'électeur Gebhard avait embrassé la religion réformée, et non la luthérienne: cette seule circonstance fit son malheur. L'animosité qui régnait entre ces deux Églises ne permit pas aux princes évangéliques de le regarder comme un des leurs et de l'appuyer comme tel avec énergie. Tous l'avaient encouragé, il est vrai, et lui avaient promis des secours; mais un prince apanagé de la maison palatine, le comte palatin Jean Casimir, zélé calviniste, fut le seul qui lui tint parole. Malgré la défense de l'empereur, il accourut, avec sa petite armée, dans le pays de Cologne; mais il ne fit rien de considérable, parce que l'électeur, qui manquait même des choses les plus nécessaires, le laissa absolument sans aide. L'électeur nouvellement élu fit des progrès d'autant plus rapides, qu'il était puissamment soutenu par ses parents bavarois et par les Espagnols, qui le secoururent des Pays-Bas. Les soldats de Gebhard, laissés sans paye par leur maître, livrèrent à l'ennemi une place après l'autre; d'autres furent obligées de capituler. Gebhard se maintint un peu plus longtemps dans ses États de Westphalie, jusqu'à ce qu'il fut contraint là aussi de céder devant des forces supérieures. Après avoir fait pour son rétablissement plusieurs tentatives inutiles en Hollande et en Angleterre, il se retira dans l'évêché de Strasbourg, où il mourut doyen du chapitre: première victime de la réserve ecclésiastique ou plutôt du défaut d'harmonie entre les protestants d'Allemagne!
A cette querelle de Cologne s'en rattacha bientôt une autre dont Strasbourg fut le théâtre. Plusieurs chanoines protestants de Cologne, atteints de l'anathème papal en même temps que l'électeur, s'étaient réfugiés dans l'évêché de Strasbourg, où ils possédaient des prébendes. Les chanoines catholiques se faisant scrupule, vu qu'ils étaient proscrits, de leur en permettre la jouissance, ils se mirent eux-mêmes en possession, de leur autorité privée et par la force, et un puissant parti protestant de la bourgeoisie de Strasbourg leur donna bientôt la supériorité dans le chapitre. Les chanoines catholiques s'enfuirent à Saverne; là, sous la protection de leur évêque, ils continuèrent de tenir leur chapitre, comme le seul régulier, et déclarèrent intrus les chanoines restés à Strasbourg. Cependant ceux-ci s'étaient renforcés par l'admission de plusieurs membres protestants de haute naissance, si bien qu'à la mort de l'évêque, ils osèrent en présenter un nouveau dans la personne d'un prince protestant, Jean-Georges de Brandebourg. Les chanoines catholiques, loin d'accepter ce choix, présentèrent l'évêque de Metz, prince lorrain, qui signala aussitôt son élection par des hostilités sur le territoire de Strasbourg.
La ville de Strasbourg ayant pris les armes pour le chapitre protestant et le prince de Brandebourg, et le parti contraire, soutenu par des troupes lorraines, cherchant à s'emparer des biens de l'évêché, il s'ensuivit une longue