L'activité de Matthias n'était rien moins qu'exempte de vues intéressées, mais la conduite de l'empereur hâta l'exécution de ces vues. La reconnaissance lui assurait l'attachement des Hongrois, auxquels il venait de donner la paix; ses négociateurs lui promettaient le dévouement de la noblesse; en Autriche même, il pouvait compter sur un nombreux parti: il ose donc déclarer plus ouvertement ses desseins et contester, les armes à la main, avec l'empereur. Les protestants d'Autriche et de Moravie, préparés de longue main à la révolte et gagnés maintenant par l'archiduc, qui leur promet la liberté de conscience, prennent hautement et publiquement son parti, et effectuent leur réunion, depuis longtemps redoutée, avec les rebelles hongrois. Une formidable conjuration s'est formée tout à coup contre l'empereur. Il se résout trop tard à réparer la faute commise; en vain il essaye de dissoudre cette ligue funeste. Déjà tout le monde est en armes; la Hongrie, l'Autriche et la Moravie ont rendu hommage à Matthias, qui marche déjà sur la Bohême, où il va chercher l'empereur dans son château et trancher le nerf de sa puissance.
Le royaume de Bohême n'était pas pour l'Autriche une possession beaucoup plus tranquille que la Hongrie: la seule différence était que, dans celle-ci, c'étaient plutôt des causes politiques, et, dans celle-là, la religion qui entretenaient la discorde. La Bohême avait vu, un siècle avant Luther, éclater le premier feu des guerres de religion: la Bohême, un siècle après Luther, vit s'allumer la flamme de la guerre de Trente ans. La secte, à laquelle Jean Huss donna naissance, avait toujours subsisté depuis dans ce royaume, d'accord avec l'Église romaine pour les cérémonies de la doctrine, à l'exception du seul article de la cène, que les hussites prenaient sous les deux espèces. Le concile de Bâle avait accordé ce privilége aux adhérents de Huss, dans une convention particulière, les compactata de Bohême, et, quoique les papes eussent ensuite contesté cette concession, les hussites continuaient d'en jouir sous la protection des lois. L'usage du calice étant l'unique signe remarquable qui distinguât cette secte, on la désignait par le nom d'utraquistes (les communiants sous l'une et l'autre espèce), et elle se complaisait dans cette dénomination, parce qu'elle lui rappelait le privilége qui lui était si cher. Mais sous ce nom se cachait aussi la secte, beaucoup plus rigide, des «frères bohêmes et moraves,» qui s'écartaient de l'Église dominante en des points beaucoup plus importants et qui avaient beaucoup de rapports avec les protestants d'Allemagne. Chez les uns comme chez les autres, les nouveautés religieuses allemandes et suisses firent rapidement fortune, et le nom d'utraquistes, sous lequel ils surent cacher toujours leur changement de principes, les garantissait de la persécution.
Au fond, ils n'avaient plus de commun que le nom avec les anciens utraquistes; ils étaient, en réalité, de vrais protestants. Pleins de confiance dans la force de leur parti et la tolérance de l'empereur, ils osèrent, sous le règne de Maximilien, mettre au jour leurs véritables sentiments. A l'exemple des Allemands, ils rédigèrent une confession de foi, dans laquelle luthériens et calvinistes reconnurent leurs opinions, et ils demandèrent que tous les priviléges de l'Église utraquiste d'autrefois fussent transférés à cette nouvelle confession. Cette demande rencontra de l'opposition chez leurs collègues catholiques des états, et ils durent se contenter d'une assurance verbale de la bouche de l'empereur.
Tant que Maximilien vécut, ils jouirent, même sous leur nouvelle forme, d'une complète tolérance; mais, sous son successeur, les choses changèrent de face. Il parut un édit impérial qui enlevait aux soi-disant frères bohêmes la liberté de religion. Ces frères bohêmes ne se distinguaient en rien des autres utraquistes: la sentence de leur condamnation frappait donc nécessairement à la fois tous les associés à la confession de Bohême. Aussi s'opposèrent-ils unanimement dans la diète au mandat impérial, mais ce fut sans succès. L'empereur et les membres catholiques des états s'appuyèrent sur les compactata et sur le droit national de Bohême, où assurément il ne se trouvait rien encore en faveur d'une religion qui, au temps où cette ancienne législation naquit, n'avait pas encore pour elle la voix de la nation. Mais combien de changements s'étaient faits depuis! Ce qui n'était alors qu'une secte insignifiante était devenu l'Église dominante; et n'était-ce pas une véritable chicane de vouloir fixer par d'anciens pactes les limites d'une religion nouvelle? Les protestants de Bohême invoquèrent la garantie verbale de Maximilien et la liberté religieuse des Allemands, auxquels ils ne voulaient être inférieurs en aucun point. Efforts inutiles: on refusa tout.
Tel était en Bohême l'état des choses quand Matthias, déjà maître de la Hongrie, de l'Autriche et de la Moravie, parut devant Kollin, pour soulever aussi les états du pays contre l'empereur. L'embarras de Rodolphe fut à son comble. Abandonné de tous ses autres pays héréditaires, il fondait sa dernière espérance sur les états de Bohême, et il pouvait prévoir qu'ils abuseraient de sa détresse pour le forcer d'admettre leurs prétentions. Après tant d'années, il reparut enfin publiquement à la diète de Prague. Pour montrer, au peuple aussi, qu'il vivait encore, il fallut ouvrir tous les volets de la galerie, longeant la cour, par laquelle il passa. C'est assez dire où, quant à lui, l'on en était venu. Ce qu'il avait craint arriva. Les états, qui sentaient leur importance, ne voulurent entendre à rien, avant d'avoir obtenu pour leurs priviléges constitutionnels et pour la liberté de religion une pleine sûreté. Il était inutile de recourir maintenant encore aux anciens subterfuges; le sort de l'empereur était dans leurs mains: il dut se plier à la nécessité. Cependant, il ne céda que pour les autres demandes: il se réserva de régler à la prochaine diète les affaires de religion.
Alors les Bohêmes prirent les armes pour la défense de Rodolphe: une sanglante guerre civile entre les deux frères paraissait inévitable; mais l'empereur, qui ne craignait rien tant que de rester dans cette servile dépendance des états, n'en attendit pas l'explosion et s'empressa de s'accommoder par une voie pacifique avec l'archiduc son frère. Par un acte formel de renonciation, il abandonna à celui-ci, ce qu'il ne pouvait plus lui reprendre, l'Autriche et la Hongrie, et il le reconnut pour son successeur au trône de Bohême.
L'empereur n'avait payé si cher sa délivrance que pour s'engager immédiatement après dans un nouvel embarras. Les affaires de religion de la Bohême avaient été renvoyées à la prochaine diète: elle s'ouvrit en 1609. Les états demandaient la liberté du culte, telle qu'elle avait existé sous le dernier empereur, un consistoire particulier, la cession de l'université de Prague, et la permission de nommer dans leur sein des défenseurs, ou protecteurs de leur liberté. Rodolphe s'en tint à sa première réponse: le parti catholique avait enchaîné toutes les résolutions du timide empereur. Si réitérées et si menaçantes que fussent les représentations des états, il persista dans sa première déclaration de n'accorder rien au delà des anciennes conventions. La diète se sépara sans avoir rien obtenu, et ses membres, irrités contre l'empereur, convinrent entre eux de se réunir à Prague, de leur propre autorité, pour aviser eux-mêmes à leurs intérêts.
Ils parurent en grand nombre à Prague, et les délibérations suivirent leur cours, sans égard à la défense de l'empereur, et presque sous ses yeux. La condescendance qu'il commença à montrer ne fit que leur prouver combien ils étaient redoutés et accrut leur audace: sur l'article principal, Rodolphe resta inébranlable. Alors ils exécutèrent leurs menaces, et prirent sérieusement la résolution d'établir eux-mêmes en tous lieux le libre exercice de leur culte et d'abandonner l'empereur dans sa détresse, jusqu'à ce qu'il eût approuvé cette mesure. Ils allèrent plus loin, et se donnèrent eux-mêmes les défenseurs que l'empereur leur refusait. On en désigna dix de chacun des trois ordres; on résolut de mettre sur pied au plus tôt une force militaire, et le comte de Thurn, principal instigateur de cette révolte, fut nommé général major. Des actes si sérieux obligèrent enfin Rodolphe de céder: les Espagnols