Литургия началась, отец Иоанн еще более преображается. Отверсты Царские врата. Произнесен первый возглас. Отец Иоанн неожиданно, порывисто берет напрестольный крест и с любовью целует его, обнимает его руками, восторженно смотрит, уста его шепчут слова молитвы. Возгласы отец Иоанн произносит так же, как читает канон на утрени. В голосе слышится и твердая вера, и надежда, и умиление. Взор обращен на горнее место. Иногда он произносит возглас, закрывши глаза и углубившись в себя. Все время он погружен в такие глубины души, что как будто ничего не видит, ничего не слышит, ничего не замечает, что кругом его совершается. Он в своем особом мире. Он в это время один и не похож на другого. Служебника отец Иоанн почти не раскрывает, так как все молитвы знает на память. Читает часто вполголоса.
Первая часть литургии у отца Иоанна – преимущественно часть молебная. Он в это время больше всего сознает себя, как молитвенника «за люди». Святой праведный Иоанн весь охвачен сознанием огромной ответственности пред этими немощными, вверившими ему себя, благо своих и души и тела, и точно спешит молиться за них; молится порывисто, настойчиво, не просит, а требует от Бога исполнения просьбы этих несчастных, с властностью священника, поставленного Христом; он хватается за край ризы Господней, требуя милости душам, вверенным ему от Господа.
С великого входа начинается второй момент литургии. Отец Иоанн берет святую чашу и относит ее, прибавляя от себя: «Изведоша Его вон из винограда и ту убиша Его». Этой глубокой по мысли вставкой отец Иоанн вводит себя, как он говорил, «в священные воспоминания последних дней Христа Господа». Всю вторую часть до пресуществления даров он отдается переживанию святых картин евангельского прошлого. С этого времени, главным образом, после «Верую» он в Гефсимании, в Сионской горнице, около Голгофы. В этой части литургии отец Иоанн очень много вставляет от себя, иногда тайно, иногда вслух.
По поставлении Святых Даров на престол, отец Иоанн читает обычную молитву, прибавляя к церковным словам о ниспослании благодати на людей следующие глубоко содержательные слова: «На всех разсадницех юношеских и отроческих, духовных и мирских, мужских и женских, градских и сельских, и на всем неучащемся юношестве; – на всех разсадницех духовных, монашеских – мужских и женских, – на нищих людях Твоих, вдовицах, сирых и убогих, – на пострадавших от запаления огненного, наводнения, бури и труса, – от недорода хлеба и глада, – на всех заповедавших